MyGene PanCancer
MyGene PanCancer — це найбільш вичерпна та масштабна молекулярно-генетична панель CSD LAB на основі високопродуктивного секвенування нового покоління (NGS). Вона призначена для визначення гермінальних (спадкових) мутацій у генах, що відповідають за розвиток практично всіх відомих онкологічних синдромів та форм спадкового раку.
Оскільки близько 10-15% усіх випадків онкопатологій зумовлені спадковими генетичними змінами, аналіз PanCancer дозволяє одночасно оцінити індивідуальні генетичні ризики для широкого спектра пухлин (раку грудної залози, яєчників, товстої кишки, шлунка, підшлункової залози, передміхурової залози, щитоподібної залози, нирок, меланоми, сарком тощо). Це дослідження дає можливість завчасно виявити ризики та розробити персоніфіковану програму онкоскринінгу для пацієнта та його родини, а у разі вже наявного захворювання — підібрати ефективну тактику лікування
Перелік досліджуваних генів
Однонуклеотидні заміни, невеликі інсерції/делеції генів ABCB1, ABCC2, ABL1, ABL2, ACTB, ACVR1B, ADGRA2, ADH1B, AIP, AKT1, AKT2, AKT3, ALDH2, ALK, AMER1, AP3B1, APC, AR, ARAF, ARFRP1, ARID1A, ARID2, ARID5B, ASXL1, ATM, ATR, ATRX, AURKA, AURKB, AXIN1, AXL, B2M, BAP1, BARD1, BCL2, BCL2L1, BCL2L11, BCL2L2, BCL6, BCOR, BCORL1, BCR, BIRC3, BLM, BMPR1A, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRD4, BRIP1, BTG1, BTG2, BTK, BTLA, BUB1B, CALR, CARD11, CBFB, CBL, CCN6, CCND1, CCND2, CCND3, CCNE1, CCT6B, CD22, CD274, CD58, CD70, CD79A, CD79B, CDA, CDC73, CDH1, CDK10, CDK12, CDK4, CDK6, CDK8, CDKN1A, CDKN1B, CDKN1C, CDKN2A, CDKN2B, CDKN2C, CEBPA, CEP57, CHD2, CHD4, CHD7, CHEK1, CHEK2, CHIC2, CIC, CKS1B, CREBBP, CRKL, CRLF2, CSF1R, CSF3R, CTCF, CTLA4, CTNNA1, CTNNB1, CUL3, CUX1, CXCR4, CYLD, CYP19A1, CYP2A6, CYP2B6, CYP2C19, CYP2C9, CYP2D6, CYP3A4, CYP3A5, DAXX, DDR1, DDR2, DDX3X, DHFR, DICER1, DLG2, DNM2, DNMT3A, DOT1L, DPYD, DUSP2, EBF1, ECT2L, EED, EGFR, EGR1, EP300, EPCAM, EPHA3, EPHA5, EPHA7, EPHB1, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ERCC1, ERCC2, ERCC3, ERCC4, ERCC5, ERG, ERRFI1, ESR1, ESR2, ETV1, ETV4, ETV5, EWSR1, EXOC2, EXT2, EZH2, FANCA, FANCB, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCL, FAS, FAT1, FBXO11, FBXO32, FBXW7, FCGR2B, FGF10, FGF14, FGF19, FGF23, FGF3, FGF6, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FH, FIP1L1, FLCN, FLT1, FLT3, FLT4, FOXL2, FOXP1, FRS2, FSTL5, FUBP1, GABRA6, GADD45B, GATA1, GATA2, GATA3, GATA4, GATA6, GLI1, GNA11, GNA13, GNAQ, GNAS, GRIN2A, GRM3, GSK3B, GSTM1, GSTP1, GSTT1, H3-3A, HBA1, HBA2, HBB, HDAC1, HDAC2, HDAC4, HDAC7, HGF, HNF1A, HNF1B, HRAS, HSD3B1, HSP90AA1, ID3, IDH1, IDH2, IGF1R, IGF2, IKBKE, IKZF1, IKZF2, IKZF3, IL2RA, IL2RB, IL2RG, IL7R, INHBA, INPP4B, INPP5D, IRAK4, IRF1, IRF2, IRF4, IRF8, IRS2, ITCH, JAK1, JAK2, JAK3, JARID2, JUN, KAT6A, KDM2B, KDM5A, KDM5C, KDM6A, KDR, KEAP1, KEL, KIT, KLHL6, KMT2A, KMT2B, KMT2C, KMT2D, KRAS, LCK, LEF1, LMO1, LRP1B, LTK, LYN, LYST, LZTR1, MAGI2, MAP2K1, MAP2K2, MAP2K4, MAP3K1, MAPK1, MCL1, MDM2, MDM4, MECOM, MED12, MED13, MEF2B, MEN1, MET, MGMT, MITF, MLH1, MLLT10, MPL, MRE11, MSH2, MSH3, MSH6, MST1R, MTHFR, MTOR, MUC16, MUTYH, MYC, MYCL, MYCN, MYD88, NBN, NCOR1, NCSTN, NEK2, NELL2, NF1, NF2, NFE2L2, NFKBIA, NKX2-1, NOTCH1, NOTCH2, NPM1, NQO1, NRAS, NRG1, NSD1, NT5C2, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUP93, PAG1, PAK3, PALB2, PAX5, PBRM1, PC, PCGF2, PDCD1, PDCD1LG2, PDGFB, PDGFRA, PDGFRB, PDK1, PDKF6, PHOX2B, PIK3C2B, PIK3C3, PIK3CA, PIK3CB, PIK3CD, PIK3CG, PIK3R1, PIK3R2, PLCG2, PLK1, PMS1, PMS2, POLD1, POLE, POT1, PP2R1A, PPM1L, PRDM1, PREX2, PRF1, PRKAR1A, PRKCI, PRKDC, PRKN, PSMB1, PSMB2, PSMB5, PSMD1, PSMD2, PTCH1, PTEN, PTGFR, PTPN11, PTPN2, PTPN6, PTPRO, QKI, RAC1, RAD21, RAD50, RAD51, RAF1, RANBP2, RARA, RARB, RARG, RASGEF1A, RB1, RBM10, RECQL4, RELN, RET, RHOA, RICTOR, RNF43, ROS1, RPS6KB1, RPTOR, RRM1, RUNX1, RUNX1T1, RXRA, RXRB, RXRG, SBDS, SDHA, SDHB, SDHC, SDHD, SEPTIN9, SERP2, SETBP1, SETD2, SF3B1, SGK1, SH2D1A, SHH, SHOC2, SLC22A1, SLC22A2, SLC31A1, SLC34A2, SLC45A3, SLCO1B1, SLIT2, SMAD2, SMAD3, SMAD4, SMAD7, SMARC4, SMARCB1, SMC1A, SMC3, SMO, SNCAIP, SOCS1, SOS1, SOX2, SOX9, SPEN, SPOP, SPTA1, SRC, SRSF2, STAG2, STAT3, STAT4, STAT5A, STAT5B, STIL, STK11, STMN1, STX11, STXBP2, SUFU, SUZ12, SYK, TAF1, TANK, TAS2R38, TEK, TEKT4, TENT5C, TERC, TERT, TET2, TGFBR2, TLE1, TLE4, TMPRSS2, TNFAIP3, TNFRSF14, TNFRSF17, TNFRSF19, TOP1, TOP2A, TP53, TP63, TPMT, TRAF2, TRAF3, TRAF5, TRRAP, TSC1, TSC2, TSHR, TTF1, TUBB3, TYK2, TYMS, U2AF1, UGT1A1, UNC13D, VEGFA, VHL, WEE1, WRN, WT1, XIAP, XPC, XPO1, XRCC1, YAP1, YES1, ZAP70, ZBED4, ZBTB2, ZMYM3, ZNF217, ZNF703, ZRSR2
Клінічні показання до проведення дослідження
Дослідження рекомендоване у таких випадках:
- Персональний історія онкологічного захворювання:
- Маніфестація раку у молодому віці (до 50 років).
- Наявність двох або більше первинних онкологічних захворювань у одного пацієнта (первинно-множинні пухлини).
- Діагностований рідкісний чи агресивний тип пухлини (наприклад, тричі негативний рак молочної залози, медулярний рак щитоподібної залози, рак яєчників, меланома, саркома).
- Нетиповий розвиток захворювання (наприклад, рак молочної залози у чоловіка).
- Складний або невизначений сімейний анамнез:
- Наявність кількох випадків онкологічних захворювань серед близких родичів (I–II ступеня) різної або однакової локалізації.
- Випадки спадкових онкологічних синдромів у родині (наприклад, синдром Лі-Фраумені, синдром Лінча, синдром Пейтца-Єгерса, синдром Коудена тощо).
- Відсутність повних даних про захворюваність серед родичів (наприклад, при усиновленні).
Матеріал і вимоги до зразка
| Тип біоматеріалу | Венозна цільна кров із консервантом K2EDTA або K3EDTA (пробірка з фіолетовою кришкою). |
| Об’єм матеріалу | 4-6 мл (мінімально необхідний об'єм — 2 мл). |
| Зберігання та транспортування | Зразки зберігаються та транспортуються при температурі +2…+8°C (із холодоелементом). Доставка в лабораторію має відбутися протягом 24-48 годин з моменту забору. Заморожування зразків цільної крові заборонено! |
Критерії відбракування зразка
- Наявність згустків (гемоліз) або недостатній об'єм крові у пробірці.
- Використання неналежного антикоагулянту (наприклад, гепарину).
- Перенесена алогенна трансплантація кісткового мозку або стовбурових клітин у минулому (у такому випадку аналіз гермінальних мутацій у крові буде відображати генотип донора).
- Переливання цільної крові або її компонентів (еритроцитарної маси) протягом останніх 4 тижнів перед забором.
Як замовити дослідження
| 1 | Консультація перед замовленням (рекомендовано) Скористайтесь послугою Медико-генетичного консультування — лікар-генетик CSD LAB допоможе підібрати оптимальний тест саме для Вашого клінічного випадку. |
| 2 | Заповнення направлення Заповніть форму направлення заздалегідь, зазначивши причину звернення. |
| 3 | Забір крові в CSD LAB Здати венозну кров у будь-якому зручному лабораторному офісі CSD LAB. Заповнюється направлення та згода на молекулярно-генетичне тестування. |
Результат і вплив на лікування
Панель MyGene PanCancer охоплює ключові гени-супресори пухлин, онкогени та гени систем репарації ДНК (BRCA1, BRCA2, TP53, PTEN, PALB2, ATM, CHEK2, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, EPCAM, CDH1, STK11, MUTYH, APC, RET, VHL, CDKN2A, RB1 та інші).
Це дозволяє одночасно оцінити ризики виникнення таких онкологічних синдромів:
- Спадковий рак молочної залози та яєчників (HBOC): гени BRCA1, BRCA2, PALB2, ATM, CHEK2, BARD1, BRIP1, RAD51C, RAD51D.
- Синдром Лінча та спадкові поліпози шлунково-кишкового тракту: гени MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, EPCAM, APC, MUTYH, STK11, BMPR1A, SMAD4.
- Синдром Лі-Фраумені: ген TP53 (підвищений ризик сарком, раку молочної залози, пухлин головного мозку, кори наднирників).
- Синдром Коудена / PTEN-патології: ген PTEN (передміхурова, щитоподібна, молочна залози, ендометрій).
- Спадковий рак шлунка: ген CDH1.
- Спадковий медулярний рак щитоподібної залози (синдром МЕН 2): ген RET.
- Синдром Гіппеля-Ліндау (VHL) та спадковий рак нирки: гени VHL, FH, SDHB, SDHD.
- Сімейна меланома: гени CDKN2A, CDK4.
Методологія та контроль якості (QC)
| Технологічна платформа | Масивно-паралельне секвенування нового покоління (NGS) на платформі Illumina із гібридизаційним збагаченням таргетних ділянок ДНК. |
| Аналітична чутливість | Виявлення точкових замін (SNVs) та малих інсерцій/делецій (Indels) у кодуючих екзонах та прилеглих ділянках сплайсингу досліджуваних генів із точністю понад 99%. |
| Класифікація варіантів | Інтерпретація згідно з міжнародними стандартами ACMG/AMP (5-рівнева система: патогенні, вірогідно патогенні, VUS [варіанти з невизначеним клінічним значенням], вірогідно доброякісні, доброякісні). |
Контроль якості
- Оцінка якості виділення ДНК: Обов'язкова флуориметрична оцінка концентрації та фрагментації геномної ДНК на етапі підготовки лабораторних бібліотек.
- Глибина покриття (Target Coverage): Суворий контроль середньої глибини читання локусів (зазвичай >100x для гермінальних панелей), що унеможливлює пропуск гетерозиготних мутацій.
- Подвійна валідація: інтерпретація та підпис висновку проводиться двома генетиками незалежно один від одного.
Суміжні тести та пакети
Медико - генетична консультація
Для лікаря: корисні ресурси
- Настанови NCCN (National Comprehensive Cancer Network) з онкогенетики:
- Genetic/Familial High-Risk Assessment: Colorectal, Endometrial, Esophageal, and Gastric
- Genetic/Familial High-Risk Assessment: Breast, Ovarian, Pancreatic, and Prostate
- Клінічні рекомендації ESMO (European Society for Medical Oncology) — алгоритми генетичного тестування та маршрутизації пацієнтів із підозрою на гермінальні мутації при первинно-множинних та спадкових раках.
- Класифікація варіантів ACMG/AMP — керівні принципи оцінки клінічної значущості виявлених заміщень та інделів у онкогенетиці.
Замовити Медико-генетичну консультацію