Панель EGFR-сигнального шляху

Панель EGFR-сигнального шляху — це молекулярно-генетичне дослідження методом секвенування наступного покоління (NGS) для виявлення точкових мутацій, невеликих інсерцій і делецій у генах EGFR, KRAS, NRAS, BRAF. Дослідження виконують на ДНК, виділеній із пухлинної тканини.

Ці гени кодують білки, залучені до передавання сигналів, які регулюють ріст і поділ клітин. EGFR є рецептором на поверхні клітини, а білки RAS і BRAF беруть участь у передаванні сигналу в ядро. Активуючі мутації в цих генах можуть підтримувати та стимулювати пухлинний ріст незалежно від інших регуляторних механізмів.

Визначення конкретного варіанта допомагає оцінити можливу чутливість або резистентність до відповідної терапії. Клінічне значення залежить від типу пухлини та конкретної мутації: одна й та сама мутація може мати різні наслідки для лікування залежно від діагнозу та клінічної картини захворювання.

Досліджувані гени: EGFR, KRAS, NRAS, BRAF.

1. Клінічні показання до проведення дослідження

Панель застосовується в онкологічній практиці:

• Недрібноклітинний рак легень (насамперед аденокарцинома) — для визначення мутацій EGFR, KRAS і BRAF, які можуть впливати на вибір лікування.
• Метастатичний колоректальний рак — для оцінювання статусу KRAS/NRAS/BRAF перед застосуванням анти-EGFR-терапії.
• Прогресування захворювання на тлі таргетної терапії — якщо клінічне питання стосується мутацій у EGFR та інших досліджуваних генах (наприклад, EGFR T790M).

При поширеному недрібноклітинному раку легень панель із чотирьох генів може бути частиною базового обстеження. Для повної оцінки терапевтично значущих змін зазвичай потрібне ширше молекулярне профілювання.

2. Матеріал і вимоги до зразка

Тип біоматеріалу

FFPE-блок (парафіновий блок із біопсійним або операційним матеріалом пухлини) + контрольне скло H&E (забарвлене гематоксиліном і еозином).

Вимоги до тканини

Вміст пухлинних клітин у зразку — не менше 20% (оптимально >30%). Відсоток некрозів — <30%.

Зберігання та транспортування

FFPE-блоки зберігаються та транспортуються при температурі +15…+25 °C. Захищати від перегріву та прямих сонячних променів.

Разом із матеріалом надають патоморфологічний висновок, результати попередніх молекулярних досліджень і відомості про проведене лікування.

Критерії відбракування зразка

• Недостатня кількість або якість виділеної ДНК через виражену деградацію тканини, зокрема при тривалій чи некоректній фіксації у формаліні (використовувати лише 10% нейтральний забуферений формалін, час фіксації: 12–48 годин).
• Низький відсоток пухлинних клітин у зразку (<20%).
• Декальциновані кісткові біоптати із застосуванням кислотних агентів (руйнують ДНК).

Аналітичне обмеження: панель оцінює визначені ділянки чотирьох генів і не замінює повного молекулярного профілювання пухлини. Виявлення транслокацій, ампліфікацій, інших великих структурних змін, MSI та TMB не є складовими цього дослідження. Негативний результат не виключає змін поза досліджуваними ділянками або варіантів нижче межі виявлення методу.

3. Як замовити дослідження

1. Консультація та вибір матеріалу

Скористайтеся послугою Медико-генетичного консультування — лікар-генетик CSD LAB допоможе підібрати оптимальний тест саме для вашого клінічного випадку.

2. Оформлення замовлення

Заповнення направлення із зазначенням клінічного діагнозу, локалізації первинної пухлини, анамнезу та наданням патоморфологічного висновку.

3. Патоморфологічний контроль (Re-evaluation)

Патолог CSD LAB проводить мікроскопічний оціночний контроль скла H&E для підтвердження відповідності діагнозу та визначення ділянки з максимальним вмістом пухлинних клітин.

4. Отримання результату

Висновок містить перелік виявлених варіантів із клінічною інтерпретацією.

4. Результат і вплив на лікування

У висновку зазначають виявлені генетичні варіанти, їхню номенклатуру, алельну частоту (AF) та клінічне значення відповідно до типу пухлини.

AF відображає частку прочитань ДНК, що містять мутацію. Цей показник не є прямим еквівалентом відсотка пухлинних клітин.

Інтерпретація та терапевтичний вплив

Предиктор чутливості до EGFR-спрямованої терапії: активуючі мутації EGFR, зокрема делеції екзону 19 та L858R, асоціюються з потенційною чутливістю до інгібіторів тирозинкінази EGFR при недрібноклітинному раку легень відповідно до клінічних показань. Інші варіанти EGFR потребують окремої інтерпретації.

Предиктор чутливості до BRAF-спрямованої терапії: мутація BRAF V600E визначає потенційну чутливість до комбінованої таргетної терапії: інгібіторами BRAF і MEK при НДРЛ або інгібітором BRAF у поєднанні з анти-EGFR-препаратом при метастатичному колоректальному раку — відповідно до показань і лінії лікування.

Предиктор резистентності до стандартної анти-EGFR-терапії при колоректальному раку: активуючі мутації KRAS або NRAS при метастатичному колоректальному раку свідчать про відсутність очікуваної користі від анти-EGFR-препаратів.

Можливість застосування інгібіторів KRAS G12C: мутація KRAS G12C може визначати потенційну чутливість до відповідної таргетної терапії як при колоректальному раку, так і при недрібноклітинному раку легень.

Вибір лікування здійснює онколог з урахуванням клінічної картини, конкретного варіанта, типу пухлини, стадії захворювання та актуальних рекомендацій NCCN/ESMO.

5. Методологія та контроль якості (QC)

Технологічна платформа

Високопродуктивне секвенування наступного покоління — NGS, Illumina (MiSeq та NextSeq).

Аналітична чутливість

Точкові мутації (SNVs), невеликі інсерції та делеції (Indels) у досліджуваних ділянках EGFR, KRAS, NRAS і BRAF з алельною частотою AF від 5% у FFPE-тканині за умови достатньої якості ДНК.

Класифікація варіантів

Для інтерпретації варіантів використовують бази даних COSMIC, ClinVar, OncoKB та клінічні настанови NCCN і ESMO.

Контроль якості

• Вхідний контроль FFPE-матеріалу: оцінка відсотка пухлинних клітин, некрозів, репрезентативності тканини та відповідності діагнозу.
• Контроль ДНК: визначення її кількості та придатності для підготовки бібліотек.
• Глибина покриття (Depth of sequencing): середня глибина секвенування для FFPE-зразків становить >500x, що дозволяє надійно виявляти низькочастотні соматичні мутації.
• Подвійна валідація: інтерпретація результатів дослідження та підпис висновку проводяться двома генетиками незалежно один від одного.

6. Суміжні тести та пакети

• Базова ДНК-панель для раку легень (EGFR, KRAS, BRAF, гістологічний матеріал, ПЛР)
• MyAction Solid tumor RNA (NGS-панель для солідних пухлин, транслокації в 50 генах, гістологічний матеріал, Illumina)
• Визначення експресії PD-L1 (22C3), чутливість до імунотерапії
• Мікросателітна нестабільність (MSI, ПЛР)

7. Для лікаря: корисні ресурси

1. NCCN Guidelines — Non-Small Cell Lung Cancer

   Молекулярне тестування та вибір терапії при НДРЛ, зокрема за мутаціями EGFR, BRAF і KRAS G12C.

2. NCCN Guidelines — Colon Cancer

   Значення KRAS/NRAS і BRAF для вибору лікування метастатичного раку ободової кишки.

3. ESMO — Oncogene-addicted metastatic non-small-cell lung cancer, 2023

   Hendriks L.E. et al. Annals of Oncology. 2023;34:339–357. Настанова щодо діагностики й таргетної терапії НДРЛ з онкогенними драйверами.

4. ESMO — Metastatic colorectal cancer, 2023

   Cervantes A. et al. Annals of Oncology. 2023;34:10–32. Настанова щодо діагностики, лікування та спостереження при метастатичному колоректальному раку.

5. Бази даних клінічної значущості мутацій: OncoKB, CIViC, COSMIC, ClinVar.