MyAction Solid tumor RNA
MyAction Solid Tumor RNA — це високоспецифічне молекулярно-генетичне дослідження на основі секвенування наступного покоління (NGS) РНК-рівня, розроблене для виявлення химерних транскриптів (структурних перебудов та транслокацій) у 50 ключових онкогенах.
Аналіз РНК (RNA-seq) є «золотим стандартом» для детекції злитих химерних генів, оскільки дозволяє безпосередньо виявити функціонально активний експресований химерний білок, незалежно від складних інтронних перебудов на рівні ДНК. Виявлення цих химерних генів є критично важливим для підбору персоніфікованої таргетної терапії (інгібітори NTRK, ALK, ROS1, RET, FGFR тощо) при широкому спектрі солідних пухлин.
Досліджувані гени:
Соматичні злиття генів: AKT3, EWSR1, NOTCH1/2, RAF1, ALK, FGFR1/2/3, NRG1, RELA, ARHGAP26, FGR, NTRK1/2/3, RET, AXL, INSR, NUMBL, ROS1, BRAF, MAML2, NUTM1, RSPO2/3, BRD3/4, MAST1/2, PDGFRA/B, TERT, EGFR, MET, PIK3CA, TFE3, ERG, MSMB, PKN1, TFEB, ESR1, MUSK, PPARG, THADA, ETV1/4/5/6, MYB, PRKCA/B, TMPRSS2.
Соматичні мутації: BRAF, EGFR, MET, PDGFRA.
Клінічні показання до проведення дослідження
Панель MyAction Solid Tumor RNA застосовується в онкологічній практиці для розширеного молекулярного профілювання та вибору таргетної терапії:
- Недрібноклітинний рак легені (НДРЛ / NSCLC) (пошук клінічно значущих таргетних перебудов у генах ALK, ROS1, RET, NTRK1/2/3, FGFR1-4 та пропуску 14-го екзону гена MET (MET ex14 skipping) при негативних або сумнівних результатах ІГХ/FISH)
- Саркоми м'яких тканин та кісток (диференціальна діагностика складних підтипів сарком (рабдоміосаркоми, синовіальні саркоми, саркома Юінга, круглоклітинні саркоми тощо) шляхом детекції специфічних діагностичних транслокацій (EWSR1, SS18, PAX3/7, FUS, PAX8))
- Секреторні та рідкісні епітеліальні пухлини (секреторний рак грудної залози, секреторна карцинома слилинних залоз, інфантильна фібросаркома (виявлення химерного гена ETV6::NTRK3))
- Папілярний рак щитоподібної залози (пошук химерних перегрупувань RET/PTC (NTRK, RET, BRAF) для оцінки агресивності та вибору таргетних інгібіторів (селперкатиніб, пралсетиніб))
- Пухлини органів шлунково-кишкового тракту, холангіокарциноми та рак сечового міхура (виявлення химерних розривів гена FGFR2/3 для призначення інгібіторів FGFR (пемигатиніб, ердафітиніб))
- Будь-які метастатичні або атипові солідні пухлини (пошук рідкісних перегрупувань NTRK1/2/3 для призначення пантуморної (agnostic) таргетної терапії (ларотректиніб, ентректиніб))
Матеріал і вимоги до зразка
| Тип біоматеріалу | FFPE-блок (парафіновий блок із біопсійним або операційним матеріалом пухлини) + контрольне скло H&E (забарвлене гематоксиліном і еозином). |
| Вимоги до тканини | Вміст пухлинних клітин у зразку — не менше 20% (оптимально >30%). |
| Зберігання та транспортування | FFPE-блоки зберігаються та транспортуються при температурі +15…+25°C. Захищати від перегріву, підвищеної вологості та прямих сонячних променів. |
Критерії відбракування зразка
- Виражена деградація РНК внаслідок тривалої фіксації у небуферованому формаліні або старіння парафінового блоку (РНК є значно менш стабільною молекулою, ніж ДНК).
- Фіксація матеріалу з порушенням стандартів (використовувати лише 10% нейтральний забуферений формалін, оптимальний час фіксації: 12-48 години).
- Низький вміст пухлинних клітин у зразку (<20%).
- Декальциновані кісткові біоптати із застосуванням кислотних агентів (повністю руйнують нуклеїнові кислоти).
Як замовити дослідження
| 1 | Консультація та вибір матеріалу Скористайтесь послугою Медико-генетичного консультування — лікар-генетик CSD LAB допоможе підібрати оптимальний тест саме для Вашого клінічного випадку. |
| 2 | Оформлення замовлення Заповнення направлення із зазначенням гістологічного діагнозу, локалізації первинного вогнища та наданого гістологічного висновку. |
| 3 | Патоморфологічний контроль (Re-evaluation) Патолог CSD LAB проводить мікроскопічний перегляд скла H&E для підтвердження наявності пухлинної тканини та оцінки її придатності за відсотком клітин. |
Результат і вплив на лікування
Аналіз РНК методом NGS переважає класичні методи FISH та ІГХ завдяки здатності одночасно аналізувати десятки генів, визначати партнерів злиття та виявляти нові (раніше не описані) варіанти перебудов.
Основні гени та відповідні таргетні терапії у панелі:
- Тирозинкіназні рецептори (Мультипухлинний агностичний скринінг):
NTRK1, NTRK2, NTRK3: мішені для таргетних інгібіторів NTRK (ларотректиніб, ентректиніб).
ALK, ROS1: мішені при НДРЛ (кризотиніб, алектиніб, лорлатиніб, бригатиніб).
RET: мішень при НДРЛ та раку щитоподібної залози (селперкатиніб, пралсетиніб).
FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4: мішені при холангіокарциномі та уротеліальній карциномі (ердафітиніб, пемигатиніб).
MET (пропуск 14 екзону): мішень при НДРЛ (капматиніб, тепотиніб).
BRAF, RAF1, ERBB2 (HER2), EGFR (варіанти vIII): мішені при раку легені, колоректальному раку та гліомах.
- Специфічні транслокації сарком та м'якотканинних пухлин:
EWSR1, FUS, SS18, PAX3, PAX7, PDGFRA, PDGFRB, COL1A1, NOTCH1, NOTCH2, STAT6, USP6, NRG1 та інші.
Методологія та контроль якості (QC)
| Технологічна платформа | Секвенування наступного покоління (NGS) РНК-бібліотек на платформі Illumina з таргетним збагаченням. |
| Аналітична чутливість | 5% мутантних алелів. |
Контроль якості
- Преаналітика: оцінка блоку патологом — визначення відсотку пухлинних клітин та некрозів.
- Контроль цілісності РНК: обов’язкова флуориметрична оцінка концентрації та капілярний аналіз фрагментації виділеної РНК перед початком пробопідготовки.
- Підготовка бібліотек: контроль якості бібліотек перед секвенуванням.
- Секвенування: якісний параметр Q-score ≥ 30 для ≥ 80% прочитань.
- Біоінформатичний аналіз: покриття цільових ділянок 99.5-100%, середня глибина прочитання ≥ 500x.
- ЛІС-моніторинг: кожен зразок маркується індивідуальним QR-кодом, його проходження по лабораторних етапах відстежується в Лабораторній Інформаційній Системі (ЛІС).
Суміжні тести та пакети
Для лікаря: корисні ресурси
- Настанови NCCN (National Comprehensive Cancer Network):
- NCCN Guidelines for Non-Small Cell Lung Cancer (рекомендація RNA-seq для виявлення рідкісних розривів та MET ex14 skipping).
- NCCN Guidelines for Soft Tissue Sarcoma / Bone Cancer.
- Рекомендації ESMO (European Society for Medical Oncology): ESMO recommendations on the use of Next-Generation Sequencing (NGS) for patients with metastatic cancer.
- Бази даних химерних генів та таргетної значущості: FusionGDB, ChimerDB, OncoKB, CIViC.