MyAction TP53
MyAction TP53 — це високоточне молекулярно-генетичне дослідження методом секвенування наступного покоління (NGS) на платформі Illumina, спрямоване на виявлення усіх мутацій у гені TP53 (кодує білок p53) у зразках периферичної крові.
Ген TP53 є класичним супресором пухлин («охоронцем геному»), котрий контролює репарацію ДНК, клітинний цикл та апоптоз. Порушення його функції внаслідок точкових мутацій, інделів або втрати гетерозиготності є одним із найважливіших несприятливих прогностичних маркерів при мієлоїдних неоплазіях (гострі мієлоїдні лейкемії (ГМЛ), мієлодиспластичний синдром (МДС), мієлопроліферативні захворювання), а також при хронічній лімфоїдній лейкемії (ХЛЛ).
Молекулярний профіль гена TP53 має вирішальне значення в онкогематології, оскільки наявність мутацій асоційована з високою резистентністю до стандартних схем хіміотерапії та вимагає своєчасної корекції лікувальної тактики.
1. Клінічні показання до проведення дослідження
Молекулярно-генетичний аналіз мутацій гена TP53 призначається гематологом або онкогематологом у таких випадках:
- Стратифікація ризику та первинне молекулярне профілювання у пацієнтів із вперше встановленим діагнозом гострої мієлоїдної лейкемії (ГМЛ) або мієлодиспластичного синдрому (МДС) та ХЛЛ.
- Оцінка доцільності та підготовка до алогенної трансплантації гемопоетичних стовбурових клітин (ТГСК).
- Оцінка рецидиву, прогресування захворювання або резистентності до проведеної цитостатичної терапії.
- Комплексна оцінка прогностичних маркерів відповідно до актуальних критеріїв ВООЗ та ELN (European LeukemiaNet).
2. Матеріал і вимоги до зразка
Тип біоматеріалу
Цільна венозна кров. Вакуумна пробірка з К2-EDTA (з фіолетовою кришкою). Використання гепарину суворо заборонено (інгібує ПЛР/NGS-реакції).
Об'єм біоматеріалу
4–8 мл цільної крові.
Зберігання та транспортування
Доставка в лабораторію здійснюється за температури +2…+8 °C протягом 24–48 годин. Не заморожувати!
Критерії відбракування зразка
Зразок крові може бути відхилено або оцінено як неінформативний через:
- наявність згустків (згортання крові) або виражений гемоліз у пробірці;
- використання невідповідного антикоагулянту (наприклад, гепарину або цитрату натрію);
- заморожування цільної крові до виділення ДНК;
- недостатній об'єм крові у вакутейнері;
- відсутність маркування або розбіжності з даними у бланку направлення;
- забір крові під час курсу цитотоксичної терапії (хіміотерапії) в проміжку до 7 днів після введення може суттєво вплинути на можливість проведення дослідження.
Клінічні обмеження
Проведення гемотрансфузій (переливання донорської крові або її компонентів) за короткий термін до забору матеріалу може суттєво спотворити результати секвенування через присутність донорської ДНК.
3. Як замовити дослідження
Консультація
Скористайтесь послугою Медико-генетичного консультування — лікар-генетик CSD LAB допоможе підібрати оптимальний тест саме для Вашого клінічного випадку.
Оформлення замовлення
У бланку обов'язково зазначається попередній/встановлений діагноз (ГМЛ, МДС тощо), поточний статус захворювання та дані попередніх цитогенетичних чи молекулярних досліджень (за наявності).
Проведення маніпуляції
Забір венозної крові у пробірку з EDTA здійснюється в маніпуляційному кабінеті лабораторного офісу або клініки з дотриманням усіх правил асептики.
Передача матеріалу до лабораторії
Пробірка з цільною кров'ю разом із заповненим направленням передається на рецепцію лабораторного офісу або відправляється логістичною службою із дотриманням температурного режиму (+2…+8 °C).
Отримання результату
Висновок містить перелік виявлених варіантів із інтерпретацією.
4. Результат і вплив на лікування
Результат наводиться у вигляді структурованого молекулярно-генетичного звіту. У висновку зазначається наявність або відсутність клінічно значущих генетичних варіантів, а також варіантів невизначеного клінічного значення (VUS) у кодуючих ділянках, екзон-інтронних регіонах та ділянках сплайс-сайтів гена TP53. Для кожної виявленої мутації зазначається точна номенклатура (згідно з HGVS), тип зміни (місенс, нонсенс, зсув рамки зчитування тощо) та частота алеля з мутацією (VAF — Variant Allele Frequency).
Отримані молекулярні дані інтерпретуються лікуючим лікарем-гематологом комплексно, разом із даними мієлограми, цитогенетичного аналізу (каріотипування, FISH) та загальною клінічною картиною. Виявлення клінічно релевантних мутацій гена TP53 дозволяє відносити пацієнта до відповідної групи (високого/несприятливого) ризику та індивідуально скоригувати менеджмент.
5. Методологія та контроль якості (QC)
Технологічна платформа
Високопродуктивне секвенування наступного покоління (Next Generation Sequencing, NGS) на технологічній платформі Illumina.
Аналітична чутливість
Високе глибинне (>500x) покриття таргетних ділянок гена TP53, що дозволяє впевнено детектувати соматичні мутації з низькою алельною частотою (VAF).
Класифікація варіантів
Пошук та класифікація виявлених варіантів здійснюється з використанням міжнародних баз даних (ClinVar, COSMIC) відповідно до рекомендацій ACMG/AMP.
Контроль якості
- Преаналітичний контроль: обов'язкова оцінка концентрації, чистоти та ступеня фрагментації виділеної ДНК перед етапом підготовки бібліотек.
- Глибина покриття (Target Coverage): середня глибина секвенування становить >500x, що дозволяє надійно виявляти низькочастотні соматичні мутації.
- Подвійна валідація: інтерпретація та підпис висновку проводиться двома генетиками незалежно один від одного.
6. Суміжні тести та пакети
7. Для лікаря: корисні ресурси
- NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology: Acute Myeloid Leukemia & Myelodysplastic Syndromes (міжнародні стандарти діагностики та стратифікації ризиків за молекулярними маркерами).
- ELN (European LeukemiaNet) Guidelines: рекомендації з діагностики та ведення пацієнтів із ГМЛ на основі генетичного профілю.
- COSMIC (Catalogue of Somatic Mutations in Cancer): база даних соматичних мутацій при онкологічних та гематологічних захворюваннях (TP53 Database).