FoundationOne Liquid CDx

FoundationOne®Liquid CDx – комплексне геномне профілювання солідних пухлин, яке досліджує циркулюючу позаклітинну ДНК (cell-free DNA, cfDNA), виділену з плазми крові. Частина cfDNA може мати пухлинне походження – циркулююча пухлинна ДНК (circulating tumor DNA, ctDNA).

Дослідження охоплює 324 гени, пов’язані з розвитком солідних пухлин. У межах схваленого FDA призначення тест виявляє:

• заміни нуклеотидів, інсерції та делеції у 311 генах;
• реаранжування у 8 генах;
• зміни кількості копій у 3 генах.

Додатково у звіті визначаються:

• мутаційне навантаження пухлини у крові – bTMB;
• мікросателітна нестабільність високого рівня – MSI-H;
• орієнтовна частка циркулюючої пухлинної ДНК – ctDNA tumor fraction.

Результати bTMB, MSI-H і частки ctDNA надаються як професійні лабораторні послуги та не розглядались і не схвалювались FDA.

FoundationOne®Liquid CDx є якісним діагностичним тестом in vitro, схваленим FDA як супутній діагностичний тест для визначених комбінацій типу пухлини, біомаркера та терапії. Інші виявлені геномні зміни можуть мати клінічне значення, але не є самостійною підставою для призначення конкретного препарату.

1. Клінічні показання до проведення дослідження

FoundationOne®Liquid CDx може бути призначений пацієнтам із поширеними солідними злоякісними новоутвореннями, коли результати геномного профілювання можуть вплинути на вибір подальшої терапії.

Основні клінічні ситуації:

• поширена, метастатична або нерезектабельна солідна пухлина;
• необхідність одночасного дослідження великої кількості клінічно значущих генів;
• пошук біомаркерів, пов’язаних із можливістю застосування таргетної терапії або імунотерапії;
• відсутність, недостатня кількість або неналежна якість придатної пухлинної тканини;
• анатомічно важкодоступна пухлина або неможливість проведення повторної біопсії;
• клінічні протипоказання до інвазивного отримання пухлинної тканини;
• прогресування захворювання або підозра на формування молекулярних механізмів резистентності, особливо якщо отримати новий тканинний зразок неможливо;
• недостатня інформативність попереднього одногенного або вузькопанельного тестування;
• рідкісна пухлина або пухлина невідомої первинної локалізації;
• пошук клінічних досліджень, яким може відповідати молекулярний профіль пухлини.

Відповідно до рекомендацій ESMO, дослідження ctDNA у плазмі може використовуватися для молекулярного профілювання при поширених онкологічних захворюваннях, зокрема коли виконання тканинної біопсії неможливе, недоцільне або потребує значного часу. Через ризик хибнонегативного результату негативні результати плазмового тестування за можливості потрібно перевіряти у пухлинній тканині.

Доцільність FoundationOne®Liquid CDx визначає лікар з урахуванням типу і стадії пухлини, попереднього лікування, доступності пухлинної тканини та ймовірності виділення пухлиною достатньої кількості ctDNA.

FoundationOne®Liquid CDx не призначений для скринінгу раку, оцінювання спадкової схильності, визначення мінімальної залишкової хвороби або рутинного серійного контролю відповіді на лікування.

2. Матеріал і вимоги

Біологічний матеріал: периферична венозна кров.

• дві пробірки з набору FoundationOne®Liquid CDx;
• номінальний об’єм крові – 8,5 мл у кожній пробірці;
• загальний необхідний об’єм – 17 мл.

Інші типи пробірок партнером не приймаються.

Підготовка до дослідження

Спеціальна підготовка пацієнта не потрібна.

Для підвищення ймовірності виявлення ctDNA виробник рекомендує проводити забір крові:

• до початку нової системної терапії;
• або під час прогресування захворювання.

Чутливість рідинної біопсії залежить від кількості ctDNA у крові на момент забору.

Перед забором необхідно:

• перевірити термін придатності набору;
• переконатися, що вміст пробірок не є каламутним і не містить сторонніх частинок;
• використовувати лише пробірки з відповідного набору FoundationOne®Liquid CDx.

Після забору кожну пробірку потрібно одразу обережно перевернути 8–10 разів. Недостатнє або несвоєчасне перемішування може вплинути на результат через лізис лейкоцитів і надходження до плазми додаткової непухлинної ДНК.

Умови транспортування

• рекомендована температура зберігання – 18–25 °C;
• допустимий температурний діапазон під час транспортування – 4–35 °C;
• пробірки з кров’ю не можна заморожувати або зберігати в холодильнику;
• температурний стабілізаційний гелевий пакет також не потрібно охолоджувати або заморожувати;
• зразок необхідно відправити в день забору доставкою наступного дня;
• кожну пробірку пакують в окремий захисний пакет, після чого обидві пробірки розміщують у пінному тримачі та герметичному пакеті для біологічного матеріалу.

Критерії прийому матеріалу

До дослідження приймають матеріал, який відповідає таким вимогам:

• надано дві пробірки з набору FoundationOne®Liquid CDx;
• у кожну пробірку набрано 8,5 мл периферичної венозної крові;
• пробірки використано в межах установленого терміну придатності;
• після забору пробірки обережно перевернуто 8–10 разів;
• на кожній пробірці вказано дату забору та щонайменше два ідентифікатори пацієнта;
• ідентифікатори на обох пробірках відповідають даним у направленні;
• зразок зберігався і транспортувався за встановленого температурного режиму;
• лабораторія Foundation Medicine отримала матеріал не пізніше ніж через 14 днів після забору.

Критерії відбракування

Матеріал не приймається або може бути відхилений після оцінювання лабораторією, якщо:

• кров зібрана не у пробірки з набору FoundationOne®Liquid CDx;
• використані пробірки з простроченим терміном придатності;
• надано менше двох пробірок;
• пробірки заповнені не повністю;
• зразок був заморожений або охолоджений у холодильнику;
• не дотримано встановленого температурного режиму;
• відсутня дата забору або два ідентифікатори пацієнта;
• дані на пробірках не відповідають направленню;
• порушена цілісність або герметичність пробірок чи транспортного набору;
• зразок отримано лабораторією Foundation Medicine пізніше ніж через 10 днів після забору;
• матеріал не пройшов лабораторний контроль якості через недостатню кількість або неналежну якість cfDNA.

3. Як замовити дослідження

FoundationOne®CDx потребує оформлення попереднього замовлення.

Для оформлення необхідно:

• заповнити форму зворотного зв’язку;
• зазначити бажані місце та дату звернення;
• дочекатися дзвінка спеціаліста CSD LAB.

Спеціаліст зв’яжеться з вами, уточнить необхідну інформацію та допоможе оформити замовлення.

Термін опрацювання заявки – до 4 робочих днів.

4. Результат і рішення

За результатами FoundationOne®Liquid CDx готується звіт із характеристикою геномного профілю пухлини за cfDNA плазми крові.

Звіт містить:

• перелік виявлених клінічно значущих геномних змін;
• результати щодо біомаркерів bTMB і MSI-H;
• орієнтовну частку ctDNA у зразку;
• позначення виявлених супутніх діагностичних біомаркерів;
• опис потенційного клінічного значення виявлених змін;
• терапевтичні опції, пов’язані з виявленими біомаркерами;
• окреме представлення терапії, релевантної для відповідного типу пухлини, і терапії, схваленої для інших типів пухлин;
• інформацію про можливу чутливість або резистентність до окремих варіантів лікування;
• клінічні дослідження, підібрані відповідно до геномного профілю;
• геномні зміни, для яких не визначено релевантних терапевтичних опцій;
• варіанти невизначеного клінічного значення, якщо вони включені до звіту;
• наукові джерела, використані для інтерпретації результатів.

Результати дослідження можуть використовуватися для:

• визначення біомаркерів, пов’язаних із можливістю застосування схваленої таргетної терапії;
• оцінювання bTMB і MSI-H як потенційно клінічно значущих біомаркерів;
• пошуку геномних змін, що можуть бути пов’язані з чутливістю або резистентністю до лікування;
• пошуку додаткових терапевтичних опцій, які досліджуються при відповідному або іншому типі пухлини;
• відбору клінічних досліджень, молекулярним критеріям яких може відповідати пацієнт;
• визначення доцільності подальшого дослідження пухлинної тканини;
• визначення потреби у підтверджувальному дослідженні альтернативним методом;
• визначення потреби в консультації медичного генетика та гермінальному тестуванні;
• розгляду клінічного випадку молекулярним консиліумом;
• формування подальшої тактики лікування разом з іншими клінічними та лабораторними даними.

Обмеження результату

Негативний результат FoundationOne®Liquid CDx не означає відсутності геномної зміни у пухлині. Пухлина може виділяти недостатню кількість ctDNA, а частка зміни може бути нижчою за межу виявлення методу. Якщо клінічно значущих змін у плазмі не виявлено, за можливості рекомендовано провести дослідження пухлинної тканини.

Виявлені у cfDNA зміни можуть походити:

• із циркулюючої пухлинної ДНК;
• із гермінальної ДНК;
• із непухлинних клонів клітин крові, зокрема при клональному гемопоезі.

FoundationOne®Liquid CDx не завжди дозволяє відрізнити соматичну зміну від гермінальної. Якщо результат може вказувати на спадковий пухлинний синдром, потрібне підтверджувальне дослідження гермінального зразка.

Варіанти невизначеного клінічного значення не повинні використовуватися для вибору лікування.

Результат FoundationOne®Liquid CDx не є готовим призначенням терапії. Остаточне рішення приймає лікар з урахуванням типу і стадії пухлини, попереднього лікування, частки ctDNA, доступності пухлинної тканини, загального стану пацієнта, реєстраційного статусу препаратів та чинних клінічних рекомендацій.

5. Методологія та контроль якості (QC)

Метод дослідження: секвенування нового покоління (NGS) із гібридним захопленням цільових ділянок cfDNA.

Принцип методу

FoundationOne®Liquid CDx досліджує cfDNA, виділену з плазми периферичної крові. Панель охоплює 324 гени: повні кодуючі ділянки 309 генів і вибрані некодуючі ділянки 15 генів. Для окремих ділянок 75 генів застосовується посилене гібридне захоплення для підвищення чутливості.

Метод включає такі етапи:

• Оцінювання зразка. Перевіряють пробірки, маркування, об’єм крові та відповідність умовам транспортування.
• Отримання плазми. Клітинні компоненти крові відокремлюють від плазми.
• Виділення cfDNA. Із плазми отримують циркулюючу позаклітинну ДНК.
• Підготовка бібліотеки. Фрагменти cfDNA готують до секвенування.
• Гібридне захоплення. За допомогою спеціальних зондів відбирають ділянки генів, включені до панелі.
• Секвенування. Відібрані фрагменти ДНК зчитують із високою глибиною покриття.
• Біоінформатичний аналіз. Отримані дані аналізують для виявлення геномних змін і визначення біомаркерів.
• Клінічна інтерпретація. Виявлені зміни зіставляють із науковими даними, терапевтичними показаннями та клінічними дослідженнями.
• Формування звіту. Результати оформлюють у структурований клінічний звіт.

Контроль якості

Контроль якості проводиться на послідовних етапах дослідження та включає:

• перевірку зразка й супровідних документів;
• контроль якості плазми та виділеної cfDNA;
• оцінювання кількості cfDNA;
• контроль підготовки бібліотеки;
• контроль ефективності гібридного захоплення;
• оцінювання глибини та рівномірності секвенування;
• застосування встановлених критеріїв біоінформатичного аналізу;
• перевірку результатів перед формуванням звіту.

Якщо зразок або отримані дані не відповідають установленим критеріям якості, окремий показник може бути невизначеним або дослідження може бути завершене без формування повного клінічного звіту.

6. Суміжні дослідження та комплексні рішення

Часто призначають разом

Додаткові дослідження залежно від клінічної ситуації:

M063 – FoundationOne CDx: застосовується для профілювання FFPE-пухлинної тканини, якщо плазмовий тест негативний або неінформативний і придатну тканину вдалося отримати.

M054 – Мікросателітна нестабільність: може застосовуватися для уточнення статусу MSI, якщо у звіті FoundationOne®CDx зазначено «Cannot Be Determined».

M417 – MyGene OncoHereditary Plus: застосовується за підозри на спадковий пухлинний синдром, коли потрібне дослідження гермінальних варіантів у 113 генах.

M315 – Медико-генетична консультація: допомагає визначити доцільність гермінального тестування та правильно інтерпретувати його результати.

Комплексний підхід рекомендований при:

• негативному або неінформативному результаті FoundationOne®Liquid CDx, якщо згодом стала доступною пухлинна тканина;
• невизначеному статусі MSI та можливості виконання тканинного дослідження;
• низькій або невизначеній частці ctDNA;
• виявленні зміни, яка може мати гермінальне походження;
• особистому або сімейному анамнезі, що вказує на можливий спадковий пухлинний синдром.

7. Для лікаря: корисні ресурси

Клінічні рекомендації

• European Society for Medical Oncology – ESMO: рекомендації щодо застосування секвенування нового покоління (NGS) у пацієнтів із поширеними злоякісними новоутвореннями – ESMO Recommendations for the Use of NGS in Patients with Advanced Cancer, 2024.
• ESMO Precision Medicine Working Group: рекомендації щодо структури, змісту та клінічної інтерпретації звітів геномного профілювання пухлин – Recommendations for the reporting of tissue and circulating tumour DNA NGS results, 2024.
• ESMO Clinical Practice Guidelines: актуальні рекомендації щодо молекулярної діагностики та лікування окремих типів злоякісних новоутворень – https://www.esmo.org/guidelines.
• American Society of Clinical Oncology – ASCO: клінічні рекомендації щодо молекулярних біомаркерів, таргетної терапії та ведення пацієнтів з онкологічними захворюваннями – https://www.asco.org/guidelines.

Клінічні дослідження

Актуальні клінічні дослідження, пов’язані з виявленими геномними змінами та відповідними варіантами терапії, можна шукати у міжнародних реєстрах:

• ClinicalTrials.gov – https://clinicaltrials.gov/;
• EU Clinical Trials Information System – CTIS – https://euclinicaltrials.eu/;
• WHO International Clinical Trials Registry Platform – ICTRP – https://trialsearch.who.int/;
• National Cancer Institute – NCI: пошук клінічних досліджень у сфері онкології – https://www.cancer.gov/research/participate/clinical-trials-search.

Перед використанням інформації про клінічне дослідження необхідно перевірити його актуальний статус, молекулярні та клінічні критерії включення, країну і центр проведення, а також можливість набору пацієнтів з України. Перелік клінічних досліджень у звіті FoundationOne®Liquid CDx не є вичерпним і відображає інформацію, доступну на момент формування звіту.