FoundationOne CDx

FoundationOne®CDx – комплексне геномне профілювання солідних пухлин, яке досліджує ДНК пухлинної тканини та допомагає визначити молекулярні зміни, що можуть впливати на вибір лікування.

Дослідження охоплює 324 гени, пов’язані з розвитком солідних пухлин, і виявляє:

• заміни нуклеотидів;
• інсерції та делеції;
• зміни кількості копій генів, зокрема ампліфікації та гомозиготні делеції;
• клінічно значущі геномні реаранжування, включно зі злиттями генів.

Додатково визначаються геномні сигнатури:

• мікросателітна нестабільність – MSI;
• мутаційне навантаження пухлини – TMB.

FoundationOne®CDx є валідованим діагностичним тестом in vitro, схваленим FDA як супутній діагностичний тест для визначених біомаркерів і терапевтичних показань.

1. Клінічні показання до проведення дослідження

FoundationOne®CDx може бути призначений пацієнтам із солідними злоякісними новоутвореннями, коли результати молекулярного профілювання можуть вплинути на вибір подальшої терапії.

Основні клінічні ситуації:

• поширена, метастатична або нерезектабельна солідна пухлина;
• необхідність одночасного дослідження великої кількості клінічно значущих генів і геномних сигнатур;
• потреба у виборі таргетної терапії або імунотерапії відповідно до молекулярного профілю пухлини;
• недостатня інформативність попереднього одногенного або вузькопанельного тестування;
• обмежена кількість тканини, коли послідовне виконання декількох окремих досліджень може призвести до вичерпання матеріалу (одним комплексом охоплено всі маркери на одному матеріалі);
• рідкісна пухлина або пухлина невідомої первинної локалізації;
• прогресування захворювання чи підозра на формування молекулярних механізмів резистентності;
• пошук клінічних досліджень, які відповідають геномному профілю пухлини.

Відповідно до рекомендацій ESMO 2024 року, широке NGS-профілювання доцільно застосовувати при поширених злоякісних новоутвореннях, для яких одночасне визначення кількох молекулярних біомаркерів може вплинути на вибір зареєстрованої терапії або участь у клінічному дослідженні. До таких пухлин належать, зокрема, неплоскоклітинний недрібноклітинний рак легені, рак передміхурової залози, колоректальний рак, холангіокарцинома та рак яєчника.

Доцільність FoundationOne®CDx визначає лікар з урахуванням типу й стадії пухлини, попереднього лікування, доступності пухлинного матеріалу та того, чи може результат змінити клінічне рішення.

2. Матеріал і вимоги

Біологічний матеріал: пухлинна тканина (FFPE) та скельця для оцінки матеріалу.

Підготовка до дослідження

Спеціальна підготовка пацієнта не потрібна.

Умови транспортування

Матеріал транспортують за кімнатної температури у спеціальному транспортному наборі. Блок і скельця мають бути захищені від пошкодження. Для попередньо підготовлених FFPE-зрізів виробником підтверджена стабільність щонайменше протягом 6 місяців. Можливість виконання дослідження визначають за результатами лабораторного контролю якості.

Критерії прийому матеріалу

До дослідження приймають такий матеріал:

• парафіновий блок та одне відповідне скло, забарвлене гематоксиліном і еозином.

Критерії відбракування

Матеріал не приймається або може бути відхилений після оцінювання лабораторією, якщо:

• наданий матеріал не є FFPE-пухлинною тканиною;
• зразок не має двох ідентифікаторів пацієнта;
• маркування зразка не відповідає направленню або патоморфологічному висновку;
• блок або скельця пошкоджені чи неналежно упаковані;
• для фіксації використано неприйнятний фіксатор;
• матеріал декальциновано із застосуванням сильної кислоти.

Матеріал може бути відхилений після лабораторного оцінювання, якщо:

• частка пухлинних ядер становить менше 20%;
• кількість або об’єм пухлинної тканини недостатні;
• зразок не відповідає критеріям якості;
• із матеріалу не вдалося отримати достатню кількість ДНК належної якості.

3. Як замовити дослідження

FoundationOne®CDx потребує оформлення попереднього замовлення.

Для оформлення необхідно:

• заповнити форму зворотного зв’язку;
• зазначити бажані місце та дату звернення;
• дочекатися дзвінка спеціаліста CSD LAB.

Спеціаліст зв’яжеться з вами, уточнить необхідну інформацію та допоможе оформити замовлення.

Термін опрацювання заявки – до 4 робочих днів.

4. Результат і рішення

За результатами FoundationOne®CDx готується звіт із комплексною характеристикою геномного профілю пухлини.

Звіт містить:

• результати визначення мікросателітної нестабільності – MSI;
• значення мутаційного навантаження пухлини – TMB;
• перелік виявлених клінічно значущих геномних змін;
• характеристику кожної виявленої зміни та її потенційного значення;
• терапевтичні опції, пов’язані з виявленими біомаркерами;
• окреме представлення терапії, клінічно релевантної для відповідного типу пухлини, та терапії, схваленої або досліджуваної при інших типах пухлин;
• інформацію про можливу чутливість або резистентність до певних варіантів лікування;
• клінічні дослідження, підібрані відповідно до виявлених геномних змін;
• окремий перелік варіантів невизначеного клінічного значення – VUS;
• посилання на наукові публікації, використані для інтерпретації результатів.

У звіті також зазначаються характеристики зразка, які можуть вплинути на результат. Наприклад, за низької частки пухлинних клітин може знижуватися чутливість виявлення змін кількості копій генів та інших геномних змін.

Окремі показники можуть бути видані з результатом «Cannot Be Determined» – «неможливо визначити», якщо якість або кількість пухлинного матеріалу не дозволяє достовірно встановити статус біомаркера. У такому разі у звіті можуть рекомендувати дослідження іншого зразка або застосування альтернативного валідованого методу.

Результати дослідження можуть використовуватися для:

• визначення біомаркерів, пов’язаних із можливістю застосування схваленої таргетної терапії або імунотерапії;
• оцінювання потенційної чутливості пухлини до певних варіантів лікування;
• виявлення геномних змін, які можуть бути пов’язані з резистентністю до терапії;
• пошуку додаткових терапевтичних опцій, що досліджуються при відповідному або іншому типі пухлини;
• оцінювання MSI та TMB як потенційно клінічно значущих біомаркерів;
• відбору клінічних досліджень, молекулярним критеріям яких може відповідати пацієнт;
• визначення потреби у підтверджувальному дослідженні альтернативним методом;
• визначення потреби в консультації медичного генетика та дослідженні гермінального зразка, якщо виявлена зміна може мати спадкове походження;
• розгляду клінічного випадку на молекулярному консиліумі;
• формування персоналізованої тактики подальшого лікування або обстеження разом з іншими клінічними даними.

Варіанти невизначеного клінічного значення не повинні використовуватися для вибору лікування. Їх включають до звіту, оскільки клінічне значення таких змін може бути уточнене після появи нових наукових даних.

Перелік терапії та клінічних досліджень у звіті не є вичерпним і не ранжується за прогнозованою ефективністю для конкретного пацієнта. Остаточне клінічне рішення приймає лікар з урахуванням типу та стадії пухлини, попереднього лікування, загального стану пацієнта, супутніх біомаркерів і чинних клінічних рекомендацій.

5. Методологія та контроль якості (QC)

Метод дослідження: NGS (next-generation sequencing) із гібридним захопленням цільових ділянок ДНК.

Принцип методу

FoundationOne®CDx виконується на ДНК, виділеній із пухлинної тканини, фіксованої у формаліні та залитої в парафін (FFPE).

Метод включає такі етапи:

• Оцінювання зразка. Патоморфолог визначає кількість тканини та частку пухлинних клітин.
• Виділення ДНК. Із FFPE-пухлинної тканини отримують ДНК для подальшого аналізу.
• Підготовка бібліотеки. ДНК готують до секвенування.
• Гібридне захоплення. Відбирають ділянки генів, включені до панелі FoundationOne®CDx.
• Секвенування. Відібрані ділянки ДНК зчитують методом NGS.
• Біоінформатичний аналіз. Отримані дані аналізують для виявлення геномних змін, визначення статусу MSI та значення TMB.
• Клінічна інтерпретація. Виявлені зміни зіставляють із науковими даними, терапевтичними опціями та клінічними дослідженнями.
• Формування звіту. Лікар отримує звіт із результатами дослідження та їх клінічним значенням.

Контроль якості

Контроль якості проводиться на всіх етапах дослідження:

• оцінювання кількості та частки пухлинної тканини;
• перевірка кількості й якості виділеної ДНК;
• контроль якості підготовленої бібліотеки;
• контроль ефективності гібридного захоплення;
• оцінювання глибини та рівномірності покриття;
• контроль якості отриманих секвенувальних даних;
• перевірка результатів біоінформатичного аналізу;
• контроль достовірності визначення MSI та TMB;
• фінальна перевірка результатів перед формуванням звіту.

Для проведення аналізу використовують 50–1000 нг виділеної ДНК. Необхідна кількість залежить від якості матеріалу та характеристик зразка.

6. Суміжні дослідження та комплексні рішення

Часто призначають разом

M054 – Мікросателітна нестабільність: може застосовуватися для уточнення статусу MSI, якщо у звіті FoundationOne®CDx зазначено «Cannot Be Determined».

M065 – FoundationOne®Liquid CDx: використовується для геномного профілювання за відсутності або недостатньої кількості придатної пухлинної тканини.

M417 – MyGene OncoHereditary Plus: застосовується за підозри на спадковий пухлинний синдром, коли потрібне розширене дослідження 113 генів.

M315 – Медико-генетична консультація: допомагає визначити доцільність гермінального тестування та правильно інтерпретувати його результати.

Комплексний підхід (додаткові рішення з тестування) рекомендований при:

• невизначеному статусі MSI за результатами FoundationOne®CDx;
• відсутності або недостатній кількості придатної пухлинної тканини;
• виявленні геномної зміни, яка може мати спадкове походження;
• особистому або сімейному анамнезі, що вказує на можливий спадковий пухлинний синдром.

7. Для лікаря: корисні ресурси

Клінічні рекомендації

• European Society for Medical Oncology – ESMO: рекомендації щодо застосування секвенування нового покоління (NGS) у пацієнтів із поширеними злоякісними новоутвореннями – ESMO Recommendations for the Use of NGS in Patients with Advanced Cancer, 2024.
• ESMO Precision Medicine Working Group: рекомендації щодо структури, змісту та клінічної інтерпретації звітів геномного профілювання пухлин – Recommendations for the reporting of tissue and circulating tumour DNA NGS results, 2024.
• ESMO Clinical Practice Guidelines: актуальні рекомендації щодо молекулярної діагностики та лікування окремих типів злоякісних новоутворень – https://www.esmo.org/guidelines.
• American Society of Clinical Oncology – ASCO: клінічні рекомендації щодо молекулярних біомаркерів, таргетної терапії та ведення пацієнтів з онкологічними захворюваннями – https://www.asco.org/guidelines.

Клінічні дослідження

Актуальні клінічні дослідження, пов’язані з виявленими геномними змінами та відповідними варіантами терапії, можна шукати у міжнародних реєстрах:

• ClinicalTrials.gov – https://clinicaltrials.gov/;
• EU Clinical Trials Information System – CTIS – https://euclinicaltrials.eu/;
• WHO International Clinical Trials Registry Platform – ICTRP – https://trialsearch.who.int/;
• National Cancer Institute – NCI: пошук клінічних досліджень у сфері онкології – https://www.cancer.gov/research/participate/clinical-trials-search.

Перед використанням інформації про клінічне дослідження необхідно перевірити його актуальний статус, молекулярні та клінічні критерії включення, країну і центр проведення, а також можливість набору пацієнтів з України. Перелік досліджень у звіті FoundationOne®CDx не є вичерпним і відображає інформацію, доступну на момент формування звіту.