FoundationOne Heme

FoundationOne®Heme – комплексне геномне профілювання, розроблене для дослідження гематологічних злоякісних новоутворень і сарком. Тест поєднує аналіз ДНК та РНК, що дає змогу в межах одного дослідження виявляти різні класи геномних змін, зокрема транслокації та злиття генів.

Дослідження включає:

• секвенування повних кодуючих ділянок 406 генів на рівні ДНК;
• дослідження вибраних інтронних ділянок 31 гена, у яких можуть виникати реаранжування;
• секвенування 265 генів на рівні РНК для виявлення відомих і нових злиттів генів.

FoundationOne®Heme виявляє:

• заміни нуклеотидів;
• інсерції та делеції;
• зміни кількості копій генів;
• геномні реаранжування;
• транслокації та злиття генів.

Додатково у звіті визначаються:

• мутаційне навантаження пухлини – TMB;
• статус мікросателітної нестабільності – MSI.

FoundationOne®Heme є лабораторно розробленим тестом – Laboratory Developed Test (LDT). Його аналітичні характеристики встановлені Foundation Medicine. Тест не був схвалений або зареєстрований FDA і не має статусу супутнього діагностичного тесту.

1. Клінічні показання до проведення дослідження

FoundationOne®Heme може застосовуватися для комплексного геномного профілювання гематологічних злоякісних новоутворень і сарком, коли результати дослідження можуть вплинути на уточнення класифікації захворювання, оцінювання прогнозу або вибір подальшої терапії.

Основні клінічні ситуації:

• гострі та хронічні лейкемії;
• мієлодиспластичні новоутворення;
• мієлопроліферативні новоутворення;
• новоутворення з поєднаними мієлодиспластичними та мієлопроліферативними ознаками;
• лімфоми та інші лімфопроліферативні захворювання;
• плазмоклітинні новоутворення;
• саркоми кісток і м’яких тканин;
• пухлини з невизначеною гістологічною належністю, коли виявлення специфічної геномної зміни може допомогти уточнити підтип;
• підозра на транслокацію або злиття генів, які складно оцінити за допомогою лише ДНК-секвенування;
• складний або нетиповий молекулярний профіль;
• необхідність одночасно дослідити велику кількість генів і різні класи геномних змін;
• недостатня інформативність попереднього одногенного або вузькопанельного дослідження;
• прогресування захворювання або підозра на формування молекулярних механізмів резистентності;
• пошук клінічних досліджень відповідно до виявленого геномного профілю;
• необхідність розгляду клінічного випадку молекулярним консиліумом.

При саркомах дослідження може бути доцільним для:

• виявлення характерних транслокацій і злиттів генів;
• уточнення молекулярного підтипу пухлини;
• диференційної діагностики морфологічно подібних новоутворень;
• пошуку геномних змін, пов’язаних із потенційною чутливістю або резистентністю до лікування.

FoundationOne®Heme не замінює морфологічного, імуногістохімічного, цитогенетичного або проточно-цитометричного дослідження. Його результати оцінюють разом із клінічними даними та результатами інших лабораторних методів.

Доцільність дослідження визначає онколог, онкогематолог або інший профільний лікар з урахуванням діагнозу, доступного матеріалу, попередніх результатів і клінічного питання.

2. Матеріал і вимоги

Біологічний матеріал: пухлинна тканина, фіксована у формаліні та залита в парафін – FFPE-блок та скельця для оцінки матеріалу.

Підготовка до дослідження

Спеціальна підготовка пацієнта не потрібна.

Для дослідження необхідно вибрати репрезентативний FFPE-блок, який містить достатню кількість життєздатних пухлинних або патологічних клітин. Оцінювання матеріалу та вибір відповідної ділянки здійснює патоморфолог.

До матеріалу рекомендовано додати:

• патоморфологічний висновок;
• результати імуногістохімічного дослідження;
• результати попередніх молекулярних, цитогенетичних або FISH-досліджень;
• для гематологічних новоутворень – за наявності результати загального аналізу крові, мієлограми та проточної цитометрії.

Умови транспортування

• FFPE-блок транспортують за кімнатної температури;
• блок необхідно захистити від перегрівання, вологи, механічного пошкодження та втрати маркування;
• холодоелементи для транспортування FFPE-блока не потрібні;
• матеріал упаковують у спеціальний транспортний набір FoundationOne®Heme;
• направлення та супровідні документи пакують окремо від первинного контейнера із матеріалом.

У наданій інструкції виробника не встановлено точного максимального строку стабільності FFPE-блока. Можливість виконання дослідження на архівному матеріалі визначається за результатами патоморфологічного оцінювання та контролю якості ДНК і РНК.

Критерії прийому матеріалу

До дослідження приймають FFPE-блок, який відповідає таким вимогам:

• матеріал зафіксований у 10% нейтральному забуференому формаліні та залитий у парафін;
• мінімальна частка пухлинних або патологічних клітин серед усіх ядровмісних клітин – 20%;
• оптимальна площа тканини – не менше 25 мм²;
• оптимальний об’єм тканини – приблизно 2 мм³;
• рекомендована загальна товщина тканини – не менше 80 мкм;
• у зразку наявна достатня кількість ядровмісних клітин для виділення ДНК і РНК;
• блок містить щонайменше два ідентифікатори пацієнта;
• маркування блока відповідає даним у направленні та патоморфологічному висновку;
• матеріал належним чином упакований і не має механічних пошкоджень.

Висока частка пухлинних клітин є бажаною. Якщо зразок містить багато зрілих еритроцитів, фіброзу або клітин із великим об’ємом цитоплазми, для отримання достатньої кількості нуклеїнових кислот може знадобитися більший об’єм тканини.

Остаточну придатність матеріалу визначає лабораторія Foundation Medicine після патоморфологічного оцінювання та контролю якості виділених ДНК і РНК.

Критерії відбракування

Матеріал не приймають, якщо:

• наданий матеріал не є FFPE-пухлинною тканиною;
• блок не має двох ідентифікаторів пацієнта;
• маркування блока не відповідає направленню або патоморфологічному висновку;
• блок пошкоджений або неналежно упакований;
• для фіксації використано AZF, B5, Bouin, Holland’s або інший фіксатор, який може пошкоджувати нуклеїнові кислоти;
• матеріал декальциновано із застосуванням сильних кислот, зокрема соляної, сірчаної або пікринової кислоти.

Матеріал може бути відхилений після лабораторного оцінювання, якщо:

• частка пухлинних або патологічних клітин становить менше 20%;
• кількість тканини або ядровмісних клітин недостатня;
• у зразку переважають некроз, фіброз або непухлинна тканина;
• з матеріалу не вдалося отримати достатню кількість ДНК та/або РНК належної якості;
• зразок не пройшов установлені критерії контролю якості.

Якщо декальцинація необхідна, виробник рекомендує використовувати EDTA. Остаточна придатність декальцинованого матеріалу визначається після лабораторного контролю якості.

3. Як замовити дослідження

FoundationOne®Heme потребує оформлення попереднього замовлення.

Для оформлення необхідно:

• заповнити форму зворотного зв’язку;
• зазначити бажані місце та дату звернення;
• дочекатися дзвінка спеціаліста CSD LAB.

Спеціаліст зв’яжеться з вами, уточнить інформацію про діагноз і наявний матеріал та допоможе оформити замовлення.

Термін опрацювання заявки – до 4 робочих днів.

4. Результат і рішення

За результатами FoundationOne®Heme готується звіт із комплексною характеристикою геномного профілю дослідженого новоутворення.

Звіт містить:

• перелік виявлених клінічно значущих геномних змін;
• заміни нуклеотидів, інсерції та делеції;
• зміни кількості копій генів;
• виявлені реаранжування, транслокації та злиття генів;
• частоту варіантного алеля – Variant Allele Frequency (VAF) – для відповідних змін;
• статус мутаційного навантаження пухлини – TMB;
• статус мікросателітної нестабільності – MSI;
• характеристику клінічного та біологічного значення виявлених змін;
• інформацію про можливу чутливість або резистентність до окремих варіантів лікування;
• препарати, клінічна значущість яких пов’язана з виявленими біомаркерами;
• терапію, схвалену для відповідного або іншого типу пухлини;
• клінічні дослідження, підібрані відповідно до геномного профілю;
• варіанти невизначеного клінічного значення – VUS;
• наукові джерела, використані для інтерпретації результатів.

Результати дослідження можуть використовуватися для:

• уточнення молекулярної класифікації гематологічного або мезенхімального новоутворення;
• виявлення геномних змін, які можуть мати діагностичне значення;
• виявлення транслокацій і злиттів генів, характерних для окремих типів лейкемій, лімфом або сарком;
• уточнення підтипу саркоми в поєднанні з морфологічними та імуногістохімічними даними;
• оцінювання молекулярних факторів прогнозу;
• стратифікації пацієнта за групою ризику, якщо значення відповідного біомаркера визначено клінічними рекомендаціями;
• визначення біомаркерів, пов’язаних із потенційною чутливістю або резистентністю до лікування;
• пошуку додаткових варіантів лікування, що вивчаються при відповідному або іншому типі новоутворення;
• відбору клінічних досліджень, молекулярним критеріям яких може відповідати пацієнт;
• визначення потреби в підтвердженні окремої зміни альтернативним методом;
• визначення доцільності консультації медичного генетика та гермінального тестування;
• розгляду клінічного випадку молекулярним або онкогематологічним консиліумом;
• формування подальшої тактики лікування та обстеження разом з іншими клінічними даними.

Виявлена геномна зміна не завжди є специфічною лише для одного захворювання. Результат FoundationOne®Heme не повинен використовуватися окремо від морфологічних, імуногістохімічних, цитогенетичних і клінічних даних.

Негативний результат не виключає наявності геномної зміни, якщо її частка нижча за межу виявлення методу або якість і кількість матеріалу обмежують чутливість дослідження.

VUS не повинні самостійно використовуватися для встановлення діагнозу, оцінювання прогнозу або вибору лікування.

FoundationOne®Heme не завжди дозволяє відрізнити соматичну зміну від гермінальної. Якщо виявлена зміна може мати спадкове походження, необхідно розглянути консультацію медичного генетика та підтверджувальне дослідження гермінального зразка.

Звіт FoundationOne®Heme не є готовим призначенням лікування. Остаточне рішення приймає лікар з урахуванням морфологічного діагнозу, клінічного перебігу захворювання, попередньої терапії, загального стану пацієнта, доступності й реєстраційного статусу препаратів та чинних клінічних рекомендацій.

5. Методологія та контроль якості (QC)

Метод дослідження: секвенування нового покоління (NGS) із гібридним захопленням цільових ділянок cfDNA.

Принцип методу

FoundationOne®Heme поєднує секвенування ДНК і РНК. ДНК-аналіз використовується для виявлення замін нуклеотидів, інсерцій, делецій, змін кількості копій і вибраних реаранжувань. РНК-секвенування підвищує можливість виявлення відомих і нових злиттів генів та допомагає підтверджувати складні геномні реаранжування.

Метод включає такі етапи:

• Оцінювання зразка. Патоморфолог або гематопатолог визначає придатність матеріалу, кількість тканини та частку пухлинних клітин.
• Виділення ДНК і РНК. Із відібраної ділянки FFPE-тканини отримують нуклеїнові кислоти.
• Підготовка бібліотек. ДНК і РНК готують до секвенування.
• Гібридне захоплення. За допомогою спеціальних зондів відбирають цільові ділянки генів, включених до панелі.
• Секвенування. ДНК і РНК аналізують методом масивного паралельного секвенування.
• Біоінформатичний аналіз. Отримані дані обробляють для виявлення геномних змін і злиттів генів.
• Клінічна інтерпретація. Результати зіставляють із науковими даними, клінічними рекомендаціями та інформацією про клінічні дослідження.
• Формування звіту. Виявлені зміни та їхнє потенційне клінічне значення оформлюють у структурований звіт.

Секвенування ДНК виконується з медіанною глибиною приблизно 500×. Під час РНК-секвенування отримують у середньому близько 6,9 мільйона унікальних пар зчитувань.

Контроль якості

Контроль якості проводиться на послідовних етапах дослідження та включає:

• патоморфологічне або гематопатологічне оцінювання зразка;
• оцінювання кількості тканини та частки пухлинних клітин;
• перевірку кількості та якості виділених ДНК і РНК;
• контроль підготовки ДНК- та РНК-бібліотек;
• контроль ефективності гібридного захоплення;
• оцінювання глибини й рівномірності секвенування;
• застосування встановлених критеріїв для виявлення коротких варіантів, змін кількості копій, реаранжувань і злиттів;
• контроль визначення MSI та TMB;
• фінальну перевірку результатів перед формуванням звіту.

Звіт перевіряють і затверджують ліцензовані патоморфологи або гематопатологи, які мають експертизу в молекулярно-генетичній патології.

Якщо зразок або отримані дані не відповідають установленим критеріям якості, окремі показники можуть бути невизначеними або дослідження може бути завершене без формування повного клінічного звіту.

Foundation Medicine виконує комплексне геномне профілювання в лабораторіях, акредитованих CAP і сертифікованих відповідно до вимог CLIA.

6. Суміжні дослідження та комплексні рішення

FoundationOne®Heme не замінює стандартну діагностику гематологічних новоутворень або сарком. Додаткові дослідження обирають залежно від типу новоутворення, клінічного питання та результату геномного профілювання.

Додаткові дослідження залежно від клінічної ситуації

Морфологічне та імуногістохімічне дослідження: необхідне для встановлення морфологічного діагнозу й оцінювання геномних знахідок у контексті конкретного новоутворення.

Проточна цитометрія: використовується для визначення імунофенотипу патологічної клітинної популяції при лейкеміях, лімфомах та інших гематологічних новоутвореннях.

Каріотипування та FISH: застосовуються для виявлення або підтвердження клінічно значущих хромосомних змін і контролю окремих молекулярних маркерів.

M394 – MyAction Universal Fusion: може застосовуватися для цільового пошуку злиттів генів у пухлинній тканині, якщо клінічне питання зосереджене передусім на фузійному профілі.

M417 – MyGene OncoHereditary Plus: застосовується за підозри на спадковий пухлинний синдром, коли потрібне розширене дослідження 113 генів.

M315 – Медико-генетична консультація: допомагає визначити доцільність гермінального тестування та правильно інтерпретувати його результати.

Комплексний підхід рекомендований при:

• необхідності зіставити геномний результат із морфологічним та імуногістохімічним діагнозом;
• лейкеміях і лімфомах, коли потрібне визначення імунофенотипу патологічної популяції;
• виявленні клінічно значущої транслокації, яка потребує підтвердження або подальшого кількісного моніторингу;
• складній класифікації саркоми;
• невідповідності між морфологічними, імуногістохімічними та молекулярними даними;
• виявленні геномної зміни, яка може мати спадкове походження;
• необхідності обговорити результат на молекулярному або онкогематологічному консиліумі.

7. Для лікаря: корисні ресурси

Клінічні рекомендації

• European Society for Medical Oncology – ESMO: рекомендації щодо застосування секвенування нового покоління (NGS) у пацієнтів із поширеними злоякісними новоутвореннями – ESMO Recommendations for the Use of NGS in Patients with Advanced Cancer, 2024.
• ESMO Precision Medicine Working Group: рекомендації щодо структури, змісту та клінічної інтерпретації звітів геномного профілювання пухлин – Recommendations for the reporting of tissue and circulating tumour DNA NGS results, 2024.
• ESMO Clinical Practice Guidelines: актуальні рекомендації щодо молекулярної діагностики та лікування окремих типів злоякісних новоутворень – https://www.esmo.org/guidelines.
• American Society of Clinical Oncology – ASCO: клінічні рекомендації щодо молекулярних біомаркерів, таргетної терапії та ведення пацієнтів з онкологічними захворюваннями – https://www.asco.org/guidelines.

Клінічні дослідження

Актуальні клінічні дослідження, пов’язані з виявленими геномними змінами та відповідними варіантами терапії, можна шукати у міжнародних реєстрах:

• ClinicalTrials.gov – https://clinicaltrials.gov/;
• EU Clinical Trials Information System – CTIS – https://euclinicaltrials.eu/;
• WHO International Clinical Trials Registry Platform – ICTRP – https://trialsearch.who.int/;
• National Cancer Institute – NCI: пошук клінічних досліджень у сфері онкології – https://www.cancer.gov/research/participate/clinical-trials-search.

Перед використанням інформації про клінічне дослідження необхідно перевірити його актуальний статус, діагностичні та молекулярні критерії включення, попередні лінії лікування, країну і центр проведення, а також можливість набору пацієнтів з України. Перелік клінічних досліджень у звіті FoundationOne®Heme не є вичерпним і відображає інформацію, доступну на момент його формування.