Базова панель для мієлопроліферативних новоутворень (JAK2, CALR, MPL, ПЛР, кров, кістковий мозок)
Мієлопроліферативні новоутворення (MPN) - це група захворювань, які впливають на формування клітин крові. МPN характеризуються накопиченням різних типів зрілих клітин крові, які є або позитивними (Ph+), або негативними (Ph-) щодо філадельфійської хромосоми. До класичних Ph- МPN можна віднести справжню поліцитемію, есенціальну тромбоцитемію (ET) і первинний мієлофіброз (PMF), і більшість цих випадків є результатом активації мутацій у гені JAK2.
Майже всі випадки поліцитемії пов’язані з мутацією посилення функції в гені JAK2. Найчастіше мутація спостерігається у кодоні 617 (JAK2 p.V617F), що призводить до конститутивної активності JAK2. Приблизно від 50% до 60% випадків есенціальної тромбоцитемії та первинного мієлофіброзу пов’язані з мутаціями JAK2 p.V617F, тоді як від 5% до 10% пов’язані з мутаціями в гені MPL, гені, що кодує рецептор тромбопоетину.
Серед загальної кількості пацієнтів з МPN Ph– мутація JAK2 V617F виявляється у >95% пацієнтів зі справжньою поліцитемією, 50–60% пацієнтів з есенціальною тромбоцитемією та у 50% пацієнтів з первинним мієлофіброзом . Крім того, 5–10% есенціальної тромбоцитемії та первинного мієлофіброзу мають активуючі мутації в гені рецептора тромбопоетину (MPL).
MPL розташований на хромосомі 1p34 і кодує рецептор тромбопоетину, ключового фактора росту та виживання мегакаріоцитів. MPL W515L вперше був описаний у 2006 році серед JAK2 V617F-негативних пацієнтів з PMF і є найпоширенішою мутацією MPL, пов’язаною з MPN, яка виникає в результаті переходу G на T в нуклеотиді 1544 екзона 10, що спричиняє заміну триптофану на лейцин у кодоні 515. MPL W515K виникає в результаті переходу TG на AA в нуклеотид 1543_1544 в екзоні 10, що спричиняє заміну триптофану на лізин у кодоні 515. MPL W515A складається з двох мутацій, що є результатом переходу TG у GC у нуклеотиді 1543_1544 в екзоні 10, що спричиняє заміну триптофану на аланін у кодоні 515 в результаті переходу GTG в AGC в нуклеотиді 1542_1544 в екзоні 10, що спричиняє заміну триптофану на аланін у кодоні 515. MPL S505N в результаті переходу G в A в нуклеотиді 1514 в екзоні 10, що спричиняє заміну серину на аспарагін у кодоні 505.
Кальретикулін є висококонсервативним Ca2+-зв’язуючим білком-шапероном просвіту ендоплазматичного ретикулуму (ER), який відіграє важливу роль у процесі згортання глікопротеїну та низці інших клітинних функцій як усередині, так і поза ER, і має три домени з різними структурними та функціональними властивостями; глобулярний N домен, багатий проліном P домен і кислий C домен. Порушена С-кінцева область містить послідовність утримання KDEL ER з кількома сайтами з високою здатністю до зв’язування Ca2+ і сайтами для зв’язування з поверхнею клітини та факторами згортання крові.
Кальретикулін кодується геном CALR у хромосомі 19. Соматичні мутації в екзоні 9 гену CALR є другими за поширеністю набутими змінами нуклеотидів у Ph-негативних мієлопроліферативних новоутвореннях, за винятком справжньої поліцитемії. Найбільш поширеними є дві специфічні мутації, L367fs*46 (мутація типу 1) та K385fs*47 (мутація типу 2).
Досліджуваний біоматеріал: венозна кров / аспірат кісткового мозку, забрана в пробірку з ЕДТА (фіолетова кришка)
Метод дослідження: Полімеразно-ланцюгова реакція у режимі реального часу (RT-PCR)
Підготовка до дослідження: не потребує спеціальної підготовки
Що може впливати на можливість проведення дослідження: неправильне проведення забору крові, неналежне зберігання та транспортування біоматеріалу, вплив лікування (радіо- та хіміотерапія на момент забору крові)
Можливість дозамовлення: можливе дозамовлення, за наявності біологічного матеріалу відповідної якості
Обладнання для дослідження: Bio-Rad CFX96
Аналітична чутливість: 1% мутантних алелів
