MyAction extended HRR+MMR (NGS-панель спадкових та соматичних мутацій в 113 генах, гістологічний матеріал, Illumina) \ N
MyAction extended HRR+MMR — комплексна NGS-панель для генетичного тестування матеріалу пухлини з метою визначення клінічно значущих мутацій в 113 генах. Панель охоплює гени систем репарації ДНК (HRR та MMR), а також клінічно значущі гени (PI3K, AKT, KIT, POLE, POLD1, SDHA та ін.), мутації в яких можуть визначати чутливість до таргетної терапії, імунотерапії, та прогноз.
Перелік 113 досліджуваних генів
ACD, AIP, AKT1, APC, ATM, BAP1, BARD1, BLM, BMPR1A, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CASR, CDC73, CDH1, CDK4, CDKN1B, CDKN2A, CEBPA, CHEK2, CTRC, DDB2, DICER1, DIS3L2, EPCAM, ERCC1, ERCC2, ERCC3, ERCC4, ERCC5, FAM175A, FANCA, FANCB, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FANCM, FH, FLCN, GALNT12, GATA2, GPC3, GREM1, HOXB13, KIF1B, KIT, LZTR1, MAX, MEN1, MET, MITF, MLH1, MRE11A, MSH2, MSH3, MSH6, MUTYH, NBN, NF1, NF2, NSD1, NTHL1, PALB2, PDGFRA, PHOX2B, PIK3CA, PMS2, POLD1, POLE, POT1, PRKAR1A, PTCH1, PTEN, RAD50, RAD51, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RB1, RECQL4, RET, RHBDF2, RINT1, RUNX1, SDHA, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, SLX4, SMAD4, SMARCA4, SMARCB1, SMARCE1, SPINK1, SPRED1, STK11, SUFU, TERF2IP, TERT, TMEM127, TP53, TSC1, TSC2, VHL, WT1, XPA, XPC, XRCC2
1. Клінічні показання до проведення дослідження
Дослідження призначається пацієнтам із підтвердженим онкологічним діагнозом для персоналізації лікувальної тактики. Дана панель рекомендована для наступних онкологічних захворювань:
• Рак грудної залози (метастатичний/рецидивуючий РГЗ)
• Рак передміхурової залози (метастатичний, кастраційно-резистентний — КРРПЗ)
• Рак ендометрію (ендометріоїдна та серозна аденокарцинома)
• Інші солідні пухлини (за потреби)
2. Матеріал і вимоги до зразка
| Тип біоматеріалу | Парафіновий блок (FFPE) з пухлинною тканиною + копія патогістологічного висновку |
| Зберігання та транспортування | Температура +8…+25°C. Блоки не заморожувати. |
| Термін зберігання блоку | Не більше 5 років від моменту виготовлення |
Критерії відбракування зразка
До початку молекулярного аналізу патолог CSD LAB виконує преаналітичну оцінку FFPE блоку. На цьому етапі непридатність гістологічного матеріалу може бути пов’язана з:
● Вираженим некрозом – через тривалу холодову ішемію >30 хвилин, великий розмір пухлини чи попереднє лікування (хіміо- чи радіотерапія)
● Низьким вмістом пухлинних клітин: менше 20% пухлинної тканини в зрізі (оцінюється патологом до початку аналізу).
● Декальцинацією: матеріал, оброблений кислотними декальцинантами (несумісний з NGS).
● Недостатня кількість матеріалу: розмір фрагментів <25 мм2
Під час молекулярно-генетичного дослідження проводиться аналіз відповідності кількості та якості ДНК. На цьому етапі матеріал може бути відхилено через:
● Недостатню кількість ДНК
● Високу фрагментацію ДНК
● Недостатню якість ДНК
Саме ці критерії якості дозволяють нам бути впевненими в усіх аналітичних процесах, які відбуваються в лабораторії та у достовірності результатів дослідження.
3. Як замовити дослідження
| 1 | Консультація перед замовленням (рекомендовано) Скористайтесь послугою Медико-генетичного консультування — лікар-генетик CSD LAB допоможе підібрати оптимальний тест саме для Вашого клінічного випадку. |
| 2 | Заповнення направлення Заповніть форму направлення заздалегідь (через електронний кабінет або за допомогою лікаря-куратора). Зазначте: діагноз і стадію, локалізацію первинної пухлини, попередні лінії терапії, очікуване клінічне рішення. |
| 3 | Передача матеріалу Парафінові блоки можна здати на дослідження в лабораторному офісі CSD LAB або в медичному закладі, який співпрацює з CSD LAB разом із копією патогістологічного висновку та заповненою формою направлення. |
4. Результат і вплив на лікування
Результат видається у вигляді структурованого звіту з інтерпретацією кожного значущого варіанту відповідно до баз даних ClinVar, OncoKB, COSMIC (та ін.) і містить: інтерпретацію клінічного значення знайдених генетичних варіантів відповідно до сучасної класифікації та наданих клінічних даних, а також рекомендації за потреби.
На основі молекулярного дослідження лікар отримує дані, які можуть вплинути на клінічні рішення щодо персоналізації лікування пацієнтів.
5. Методологія та контроль якості (QC)
| Технологія | NGS (секвенування наступного покоління) на платформі Illumina |
| Тип варіантів | SNV, малі інсерції/делеції (indels) |
| Глибина покриття | Середня глибина прочитання ≥ 500x |
| Аналітична чутливість | VAF ≥ 5% для соматичних варіантів |
Контроль якості
● Преаналітика: оцінка блоку патологом — визначення відсотку пухлинних клітин.
● Контроль ДНК: кількісна оцінка (флуорометрія) та оцінка індексу фрагментації (DIN або ін.) виділеної ДНК з FFPE.
● Підготовка бібліотек: контроль якості бібліотек (аналіз фрагментів ДНК з Agilent TapeStation) перед секвенуванням.
● Секвенування: якісний параметр Q-score ≥ 30 для ≥ 80% прочитань.
● Біоінформатичний аналіз: покриття цільових ділянок 99.5-100%, середня глибина прочитання ≥ 500x.
● Звітування: інтерпретація відповідно до ACMG/AMP 2015, ESCAT та актуальних баз ClinVar / COSMIC та ін.
6. Суміжні тести та пакети
Медико - генетична консультація: для підбору дослідження або для інтерпретації складних результатів, особливо у разі виявлення варіантів непевного значення (VUS).
7. Для лікаря: корисні ресурси
Корисні ресурси та бази даних
● NCCN Guidelines — актуальні клінічні протоколи (безкоштовна реєстрація)
● ClinicalTrials.gov — реєстр клінічних досліджень
● COSMIC — соматичні мутації в онкології
● OncoKB — клінічна значимість мутацій з прив’язкою до діагнозу