Скринінг носійства генетичних патологій CarrierSeq для пари

CarrierSeq для пари — це високотехнологічний молекулярно-генетичний скринінг преміум класу, призначений для сімейних пар, які планують вагітність або вже перебувають у програмі ДРТ (допоміжних репродуктивних технологій). Дослідження базується на методі секвенування наступного покоління (NGS) та дозволяє одночасно перевірити статус носійства патогенних мутацій у сотнях генів, відповідальних за розвиток важких спадкових захворювань.

Більшість людей є прихованими (безсимптомними) носіями від 2 до 5 патогенних генетичних варіантів. Якщо обоє батьків є носіями мутації в одному й тому самому гені, існує 25% ризик народження дитини з важкою генетичною патологією. Скринінг CarrierSeq для пари дозволяє виявити ці ризики ще на етапі планування вагітності та вчасно скоригувати репродуктивну стратегію.

1. Клінічні показання до проведення дослідження

Генетичний скринінг CarrierSeq рекомендований парам у таких випадках:

• Свідоме планування вагітності: (для оцінки сукупного генетичного ризику та мінімізації ймовірності народження дитини із вродженими вадами.)
• Підготовка до програм ДРТ (ЕКО/ICSI): (для визначення необхідності проведення передімплантаційної генетичної діагностики ембріонів (PGT-M))
• Наявність генетичних захворювань у сімейному анамнезі: (якщо у когось із родичів чоловіка чи дружини були випадки нез'ясованих вад розвитку, затримки ментального розвитку або спадкових хвороб)
• Кровноспоріднений шлюб (консангвінітет) (оскільки у родичів значно вища ймовірність бути носіями однакових рецесивних мутацій)
• Обтяжений акушерський анамнез: (випадок звичного невиношування вагiтностi, завмирання плода або смерті дитини у ранньому віці з нез'ясованих причин)

2. Матеріал і вимоги до зразка

Критерії відбракування зразка

Для забезпечення точності результатів NGS-аналізу зразки можуть бути відхилені преаналітичним аудитом CSD LAB у разі:

• Наявності згустків або вираженого гемолізу у пробірці через порушення техніки забору чи перемішування крові.
• Заморожування зразка — низькі температури руйнують лейкоцити та призводять до деградації геномної ДНК.
• Порушення маркування: Відсутність ПІБ, дати народження або маркування «Чоловік / Дружина» на пробірках, що може призвести до переплутування матеріалу пари.
• Проведення нещодавнього переливання крові (гемотрансфузії протягом останніх 3 місяців) або пересадки кісткового мозку у будь-кого з партнерів (у таких випадках аналізується альтернативний матеріал — букальний епітелій).

3. Як замовити дослідження

1. Консультація репродуктолога або генетика

Лікар оформлює направлення на CarrierSeq для пари, де фіксуються дані анамнезу та родовід (за наявності відомих патологій).

2. Одночасний або роздільний забір

Партнери здають кров у будь-якому лабораторному офісі CSD LAB. Суворого голодування не потрібно, забір можна проводити протягом дня (бажано через 2-3 години після легкого прийому їжі, виключивши жирні страви).

3. Генетичний аналіз

Виділена ДНК обох партнерів проходить паралельний цикл підготовки бібліотек та високопродуктивного секвенування. Біоінформатичний алгоритм проводить крос-аналіз даних чоловіка та дружини для пошуку перехресних мутацій.

4. Результат і вплив на лікування

Скринінг орієнтований на виявлення мутацій із високою клінічною проникністю (penetrance), що викликають:

• Автосомно-рецесивні захворювання: Спінальна м’язова атрофія (СМА), муковісцидоз, фенілкетонурія, хвороба Тей-Сакса, галактоземія, несиндромальна туговухість тощо.
• X-зчеплені патології: Синдром ламкої Х-хромосоми (мартін-Белл), гемофілія А/В, м’язова дистрофія Дюшенна/Беккера (аналізується переважно у жінки, оскільки вона може передати мутацію сину).

Варіанти результатів скринінгу для пари та репродуктивні рішення:

Повний перелік захворювань та генів панелі CarrierSeq

1. Амінокислотний обмін та органічні ацидурії: Фенілкетонурія (PAH), хвороба "кленового сиропу"/лейциноз (BCKDHA, BCKDHB, DBT), гомоцистинурія (CBS, MTHFR, MTRR), тирозинемія (FAH, TAT, HPD), метилмалонова (MMAA, MMAB, MMACHC, MMADHC, MUT, ACSF3), пропіонова (PCCA, PCCB), ізовалеріанова (IVD), глутарова (GCDH, ETFA, ETFB, ETFDH), алкаптонурія (HGD), ACAT1, MLYCD, MCCC1, MCCC2, OPA3.
2. Обмін жирних кислот та карнітину: Дефіцити MCAD (ACADM), SCAD (ACADS, ACADSB), VLCAD (ACADVL), LCHAD (HADHA, HADHB), CPT I/II (CPT1A, CPT2), системний карнітиновий дефіцит (SLC22A5, SLC25A20), ACOX1, ETHE1.
3. Глікогенози та обмін вуглеводів: Глікогенози I–VII типів (G6PC, SLC37A4, GAA, AGL, GBE1, PYGM, PFKM), галактоземія (GALT, GALK1, GALE), непереносимість фруктози (ALDOB), вроджені розлади глікозилювання CDG (PMM2, MPI, ALG6).
4. Лізосомні хвороби накопичення: Хвороба Гоше (GBA), Тея-Сакса (HEXA), Сандхоффа (HEXB), Фабрі (GLA), Німанна-Піка (SMPD1, NPC1, NPC2), метахроматична лейкодистрофія (ARSA, PSAP), Краббе (GALC), мукополісахаридози I–VII типів (IDUA, IDS, SGSH, NAGLU, HGSNAT, GNS, GALNS, GLB1, ARSB, GUSB), нейрональні цероїдні ліпофусцинози CLN1–10 (PPT1, TPP1, CLN3, CLN5, CLN6, MFSD8, CLN8, CTSD), цистиноз (CTNS), хвороба Салла (SLC17A5), аспартилглюкозамінурія (AGA), альфа-маннозидоз (MAN2B1), сіалідоз (NEU1), LIPA, GNPTAB, GNPTG, MCOLN1.
5. Цикл сечовини, гіпероксалурія та інші розлади: CPS1, ASS1, SLC25A13, ASL, ARG1, OTC, NAGS, AMT, GLDC, SLC25A15, OAT, SLC7A7, первинна гіпероксалурія (AGXT, GRHPR, HOGA1), дефіцит біотинідази (BTD), синдром Сміта-Лемлі-Опіца (DHCR7), ксантоматоз (CYP27A1), дефіцит креатину (GAMT, SLC6A8), BCHE, PC, PDHA1, PDHB, HLCS, HMGCL, MOCS1, PHGDH, ALDH7A1, PNPO, PTS, UPB1, DPYD, DLD, GFM1, TSFM.
6. М'язові атрофії та дистрофії: Спинальна м'язова атрофія СМА (SMN1), міодистрофія Дюшенна/Беккера (DMD), кінцівково-поясні м'язові дистрофії LGMD (CAPN3, DYSF, SGCG, SGCA, SGCB, SGCD, FKRP), LAMA2-дистрофія (LAMA2), Емері-Дрейфуса (EMD), синдром Волкера-Варбург (FKTN), немалінова міопатія (NEB), X-зчеплена міотубулярна міопатія (MTM1), міопатія включних тілець (GNE).
7. Лейкодистрофії, атаксії та нейродегенерації: X-зчеплена адренолейкодистрофія (ABCD1), хвороба Канаван (ASPA), лейкоенцефалопатія VWM (EIF2B5), мегаленцефалія (MLC1), понтоцеребелярна гіпоплазія (VRK1, EXOSC3, SEPSECS, VPS53, RARS2, TSEN54), атаксія-телеангіектазія (ATM, MRE11), атаксія SACS (SACS), хвороба Шарко-Марі-Тута (GJB1, NDRG1), PKAN (PANK2), нейроаксональна дистрофія (PLA2G6), синдром Ретта (MECP2), синдром Сегави (GCH1, TH), хореоакантоцитоз (VPS13A), родинна дизавтономія (IKBKAP/ELP1), синдром Алікарді-Гутьєра (RNASEH2C, SAMHD1, TREX1).
8. Вроджені міастенії: CHRNE, DOK7, PREPL, RAPSN.
9. Приглухуватість та глухота: Несиндромальна туговухість (конексини GJB2, GJB6, GJB3), аутосомно-рецесивна глухота (MYO15A, STRC, LOXHD1, TMC1).
10. Синдром Ушера (глухота + втрата зору): Типи 1B, 1C, 1D, 1F, 2A, 3 (MYO7A, USH1C, CDH23, PCDH15, USH2A, CLRN1).
11. Захворювання сітківки та зору: Вроджена амавроз Лебера (GUCY2D, RPE65, LCA5, CRB1, CEP290, RDH12), хвороба Штаргардта (ABCA4), пігментний ретиніт (EYS, CERKL, FAM161A, DHDDS), ахроматопсія (CNGA3, CNGB3), хороїдеремія (CHM), ретиношизис (RS1), вроджена глаукома (CYP1B1), S-конусоподібний синдром (NR2E3), мікрофтальмія (VSX2), дистрофії сітківки (RLBP1).
12. Патології гемоглобіну та еритроцитів: Альфа-таласемія (HBA1, HBA2), бета-таласемія та серпоподібноклітинна анемія (HBB), анемія Фанконі (FANCA, FANCC, FANCG, BRIP1), дефіцит G6PD (G6PD).
13. Згортання крові та тромбоцити: Гемофілія А (F8), гемофілія В (F9), дефіцити факторів XI (F11) та II (F2), хвороба Віллебранда (VWF), тромбастенія Гланцмана (ITGB3), синдром Бернара-Сульє (GP1BA, GP1BB, GP9), амегакаріоцитарна тромбоцитопенія (MPL).
14. Імунодефіцити та аутозапалення: Тяжкий комбінований імунодефіцит SCID (ADA, IL2RG, DCLRE1C), хронічна гранулематозна хвороба (CYBB, CYBA), синдром Оменна (RAG1, RAG2), синдром Віскотта-Олдріча (WAS), синдром Німейген (NBN), вроджена нейтропенія (HAX1, VPS45), синдром «голих» лімфоцитів (CIITA), сімейна середземноморська гарячка (MEFV), синдром Шедіака-Хігасі (LYST).
15. ВГКНЗ та розлади стероїдогенезу: Вроджена гіперплазія кори надниркових залоз (CYP21A2, CYP11B1, CYP17A1, HSD3B2, STAR), X-зчеплена гіпоплазія надниркових залоз (NR0B1), CYP11B2.
16. Статевий розвиток та репродукція: Синдром андрогенної нечутливості (AR), дефіцит 5-альфа-редуктази (SRD5A2), дефіцит 17-бета-ГСД 3 (HSD17B3), гіпоплазія клітин Лейдіга (LHCGR), дефіцит ароматази (CYP19A1), персистенція Мюллерових протоків (AMH, AMHR2), рекурентний міхуровий занесок (NLRP7).
17. Інші ендокринопатії: Поліендокринопатія APECED (AIRE), гіперінсулінізм (ABCC8, KCNJ11), вроджений гіпотиреоз (TPO, TSHB, TSHR), дефіцит гормону росту (GH1, GHRHR, BTK, PROP1), цукровий діабет (AQP2).
18. Шкіра та ектодерма: Бульозний епідермоліз (COL7A1, LAMA3, LAMB3, LAMC2), іхтіози (ABCA12, TGM1, ALDH3A2), ектодермальна дисплазія (EDA, EDAR, WNT10A), альбінізм (TYR, TYRP1, SLC45A2), синдром Папійона-Лефевра (CTSC), LIPH, синдром Херманського-Пудлака (HPS1, HPS3, HPS4).
19. ДНК-репарація та передчасне старіння: Пігментна ксеродерма (XPA, ERCC3, XPC, ERCC2, DDB2, ERCC4, ERCC5, POLH), синдром Коккейна (ERCC8, ERCC6), Блума (BLM), Вернера (WRN), вроджений дискератоз (DKC1, RTEL1), синдром Робертса (ESCO2).
20. Сполучна тканина та скелет: Синдром Елерса-Данло VIIC (ADAMTS2), Альпорта (COL4A3, COL4A4, COL4A5), фіброхондрогенез (COL11A2), псевдоксантома (ABCC6), пікнодизостоз (CTSK), гіпофосфатазія (ALPL), ахондрогенез 1B (SLC26A2), Дезбукуа дисплазія (CANT1), Елліса-ван Кревельда (EVC, EVC2), остеопетроз (TCIRG1), GORAB, WISP3.
21. Ниркові, ціліопатичні та інші синдроми: Полікістоз нирок ARPKD (PKHD1), фінський нефроз (NPHS1), нефротичний синдром (NPHS2), нефронофтиз (NPHP1), Бартера 4a (BSND), Гітельмана (SLC12A3), ATP6V1B1, синдром Барде-Бідля (BBS1, BBS2, BBS4, MKKS, BBS9, BBS10, TRIM32, BBS12), первинна циліарна дискінезія (DNAI1, DNAH5, DNAI2, DNAL1), мітохондріальні комплекси I/Leigh (ACAD9, NDUFAF5, NDUFS4, NDUFS6, SURF1, LRPPRC, BCS1L, MPV17, SUCLA2, PUS1), кардіоміопатії (CASQ2, TTN), холестаз PFIC1–3 (ATP8B1, ABCB11, ABCB4), Жільбера (UGT1A1), хлоридна діарея (SLC26A3), гемохроматоз (HFE, HFE2, TFR2), Менкеса (ATP7A), Вільсона (ATP7B), TTC37, TRMU, Triple A (AAAS), Альстрема (ALMS1), Андерманна (SLC12A6), MEDNIK (AP1S1), Карпентера (RAB23), Швахмана-Даймонда (SBDS), Коена (VPS13B), Жувера/Меккеля (TMEM216, MKS1, RPGRIP1L), EIF2AK3, GLE1, HYLS1, LIFR, SAMD9, TRIM37, SMARCAL1.

5. Методологія та контроль якості (QC)

Контроль якості

• Контроль чистоти виділення ДНК: Визначення концентрації та цілісності ДНК для кожного партнера окремо на флуориметрах Qubit.
• Біоінформатичне зведення (Cross-match): Автоматизоване порівняння генетичних карт обох партнерів спеціалізованим софтом, що виключає людську помилку при ручному порівнянні списків мутацій.
• Підпис медичного генетика: Фінальний клінічний звіт аналізується та підписується сертифікованим лікарем-генетиком із наданням базових рекомендацій для сімейної пари.

6. Суміжні тести та пакети

PANORAMA NIPT: одноплідна вагітність (базовий): безпечний скринінг хромосомних аномалій плода по крові вагітної жінки, що проводиться з 9-10 тижня вагітності.

8. Для лікаря: корисні ресурси

• Гайдлайни ACOG (Американського коледжу акушерів та гінекологів) щодо генетичного скринінгу носійства: міжнародні стандарти, які рекомендують пропонувати скринінг носійства спадкових патологій усім жінкам, які планують вагітність або вже є вагітними, незалежно від етнічного походження.
• Рекомендації ACMG (Американської колегії медичної генетики та геноміки): стандартизовані переліки генів та критерії інтерпретації результатів масового паралельного секвенування для репродуктивного скринінгу.
• Міжнародна база даних ClinVar (NCBI): експертний ресурс, що використовується для перевірки клінічної значущості та патогенності виявлених нуклеотидних варіантів у партнерів.