Що таке комплексне геномне профілювання пухлини і як воно допомагає обрати лікування?

Однакова назва діагнозу не означає однакове лікування.

Двоє пацієнтів можуть мати рак легені, рак товстої кишки або рак молочної залози, але їхні пухлини можуть поводитися по-різному. У когось захворювання добре відповідає на стандартне лікування, у когось швидко прогресує, а в когось може бути молекулярна особливість, яка відкриває шлях до таргетної терапії або імунотерапії.

Саме тому сучасна онкологія дедалі частіше дивиться не лише на орган, у якому виникла пухлина, а й на її молекулярний профіль.

Комплексне геномне профілювання пухлини — це дослідження, яке допомагає “прочитати” важливі генетичні зміни в пухлинних клітинах і зрозуміти, чи можуть вони мати значення для вибору лікування. У CSD LAB до таких рішень належать, зокрема, комплексне геномне профілювання FoundationOne Liquid CDx, M065.

Це не заміна гістології, імуногістохімії або консультації онколога. Це наступний рівень інформації, який може бути особливо важливим тоді, коли стандартних даних про пухлину вже недостатньо для прийняття клінічного рішення.

Класичний онкологічний діагноз зазвичай відповідає на кілька базових питань: де виникла пухлина, який її гістологічний тип, яка стадія захворювання, чи є ураження лімфатичних вузлів або віддалені метастази.

Ця інформація залишається основою лікування. Без неї неможливо правильно побудувати маршрут пацієнта.

Але в багатьох випадках лікарю потрібно знати більше.

Наприклад, дві пухлини з однаковою локалізацією та схожою гістологією можуть мати різні мутації, різну чутливість до препаратів і різну ймовірність відповіді на певні види терапії. Саме тому в онкології з’явилося поняття персоналізованої, або прецизійної, медицини.

Простими словами, персоналізована онкологія намагається відповісти не лише на питання “який це рак?”, а й на питання “які біологічні механізми керують саме цією пухлиною?”.

Для цього лікар може призначати молекулярне тестування. Якщо потрібно оцінити широкий спектр змін у пухлині, може розглядатися комплексне геномне профілювання, наприклад FoundationOne Liquid CDx, M065 для циркулюючої пухлинної ДНК у крові, або інші NGS-рішення залежно від типу пухлини та доступного матеріалу.

Комплексне геномне профілювання — це розширене молекулярне дослідження пухлини, яке зазвичай виконується методом NGS, або секвенування нового покоління.

NGS дозволяє одночасно оцінювати багато генів, пов’язаних із розвитком і прогресуванням раку. На відміну від тесту на один окремий маркер, комплексне профілювання може за один раз перевірити десятки, сотні або навіть більше генетичних змін, залежно від конкретної панелі.

Таке дослідження може виявляти різні типи порушень:

• точкові мутації — невеликі зміни в послідовності ДНК;
• інсерції та делеції — вставки або втрати фрагментів ДНК;
• ампліфікації — збільшення кількості копій певного гена;
• злиття генів — ситуації, коли частини двох різних генів об’єднуються й утворюють патологічний сигнал;
• ознаки мікросателітної нестабільності, або MSI;
• пухлинне мутаційне навантаження, або TMB;
• інші молекулярні зміни, якщо вони входять до можливостей конкретного тесту.

Наприклад, FoundationOne Liquid CDx, M065 у CSD LAB виконується методом NGS і призначений для комплексного геномного профілювання циркулюючої пухлинної ДНК у пацієнтів із солідними пухлинами.

Простими словами, комплексне геномне профілювання — це спроба скласти молекулярну карту пухлини. Така карта не завжди одразу дає готову відповідь, але може показати лікарю напрямок, у якому варто шукати терапевтичні можливості.

Комплексне геномне профілювання не потрібне кожному пацієнту з онкологічним діагнозом. У частини людей лікар може прийняти рішення на основі гістології, імуногістохімії, стадії захворювання та стандартних біомаркерів.

Але є ситуації, коли розширене молекулярне тестування може бути особливо важливим.

Лікар може розглядати комплексне профілювання, якщо:

• захворювання є поширеним або метастатичним;
• пухлина прогресує після стандартного лікування;
• можливості стандартної терапії обмежені;
• тип пухлини має кілька потенційно значущих біомаркерів;
• потрібно оцінити можливість таргетної терапії або імунотерапії;
• лікар розглядає участь пацієнта в клінічному дослідженні;
• пухлина рідкісна, нетипова або має складну діагностичну ситуацію;
• потрібно отримати максимально повну молекулярну характеристику пухлини для подальшого планування лікування.

Якщо доступ до пухлинної тканини обмежений або повторна біопсія є складною, лікар може розглянути дослідження циркулюючої пухлинної ДНК у крові — наприклад FoundationOne Liquid CDx, M065. Водночас вибір між тканиною пухлини та кров’ю завжди має робити лікар.

Важливо: рішення про таке дослідження має приймати лікар. Пацієнту не потрібно самостійно обирати найбільшу панель або найдорожчий тест. Головне питання — не “скільки генів перевіряє аналіз”, а “чи допоможе результат у конкретній клінічній ситуації”.

Біомаркер — це ознака пухлини, яка може мати значення для діагностики, прогнозу або вибору терапії. У контексті комплексного геномного профілювання найчастіше говорять про генетичні зміни, які можуть підказати лікарю, які препарати потенційно можуть бути ефективними або, навпаки, менш доцільними.

До прикладів таких маркерів належать:

• EGFR — зміни в цьому гені можуть бути важливими при недрібноклітинному раку легені та можуть впливати на вибір таргетної терапії. Для раку легень у CSD LAB є окремі молекулярні рішення, зокрема MyAction Lung Liquid, M414;
• ALK, ROS1, RET, NTRK — злиття або перебудови цих генів можуть створювати патологічний сигнал росту пухлини й бути мішенню для окремих таргетних препаратів. Такі зміни можуть оцінюватися в межах NGS-панелей або ширших рішень для молекулярного профілювання пухлини;
• BRAF — деякі мутації цього гена можуть мати значення при меланомі, раку легені, колоректальному раку та інших пухлинах;
• HER2 / ERBB2 — ампліфікація або інші зміни можуть бути важливими не лише при раку молочної залози, а й при частині пухлин шлунка, легені та інших локалізацій;
• KRAS, NRAS — ці гени можуть впливати на вибір терапії, зокрема при колоректальному раку та деяких інших пухлинах;
• BRCA1 / BRCA2 та інші гени репарації ДНК — можуть мати значення для вибору певних видів терапії, а іноді також піднімати питання спадкового ризику. Для оцінки спадкових або пухлинних змін у генах репарації ДНК лікар може розглядати цільові панелі, наприклад MyGene HRR, M089;
• MSI-H / dMMR — ознаки порушення системи репарації ДНК, які можуть бути важливими для оцінки можливості імунотерапії. У CSD LAB для частини клінічних ситуацій можуть бути релевантними дослідження MSI/MMR або ширші NGS-рішення;
• TMB — пухлинне мутаційне навантаження, тобто кількість мутацій у пухлині. У певних ситуаціях цей показник може враховуватися при розгляді імунотерапії. TMB може входити до звіту розширеного геномного профілювання, зокрема FoundationOne Liquid CDx, M065.

Цей список не означає, що всі перелічені маркери потрібно шукати кожному пацієнту. Він показує головну ідею: сучасна онкологія дедалі частіше оцінює не лише “назву” пухлини, а й її молекулярні слабкі місця.

Іноді пацієнти очікують, що комплексне геномне профілювання обов’язково знайде “ідеальний препарат”. На жаль, це не завжди так.

Результат може показати:

• зміну, для якої вже існує затверджена терапія при цьому типі пухлини;
• зміну, для якої є препарат, але він затверджений для іншої локалізації раку;
• зміну, яка може бути підставою для пошуку клінічного дослідження;
• варіант із невизначеним клінічним значенням;
• відсутність змін, які прямо впливають на вибір доступного лікування.

Тобто комплексне геномне профілювання не гарантує, що буде знайдено таргетний препарат. Але воно може дати лікарю важливу інформацію, якої неможливо отримати лише з гістології або стандартної імуногістохімії.

Особливо важливо правильно інтерпретувати результат. Один і той самий ген може мати різне значення залежно від типу пухлини, конкретної мутації, попереднього лікування та загального стану пацієнта.

Тому звіт комплексного профілювання має оцінювати онколог, а за потреби — мультидисциплінарна команда.

Найчастіше для молекулярного профілювання використовують тканину пухлини — матеріал, отриманий під час операції або біопсії. Це може бути парафіновий блок або інші підготовлені зразки, якщо вони відповідають вимогам конкретного тесту.

Для якісного результату важливо, щоб матеріалу було достатньо, у ньому була потрібна кількість пухлинних клітин, а зразок був правильно зафіксований і збережений.

Іноді лікар може розглядати рідинну біопсію — аналіз крові, який шукає фрагменти пухлинної ДНК у кровотоці. Такий підхід може бути корисним, якщо отримати тканину пухлини складно або небезпечно. У CSD LAB прикладом такого підходу є FoundationOne Liquid CDx, M065, для якого використовується венозна кров у спеціальних пробірках.

Але рідинна біопсія має свої обмеження, і негативний результат не завжди означає, що в пухлині немає значущих змін.

Саме тому вибір матеріалу — тканина пухлини чи кров — має визначати лікар з урахуванням клінічної ситуації, попередніх результатів і можливостей конкретного дослідження.

Іноді для вибору лікування достатньо одного конкретного тесту. Наприклад, якщо для певного типу пухлини потрібно перевірити один відомий маркер, лікар може призначити саме таргетне дослідження на цей маркер.

Комплексне геномне профілювання має іншу логіку. Воно корисне тоді, коли лікарю потрібно ширше подивитися на пухлину й одночасно оцінити багато потенційно важливих змін.

Можна пояснити це так:

• тест на один маркер відповідає на одне конкретне питання;
• невелика панель відповідає на кілька найбільш імовірних питань;
• комплексне профілювання допомагає побачити ширшу молекулярну картину.

Наприклад, якщо завдання стосується лише певної групи генів, лікар може обрати більш цільове дослідження, як-от MyGene HRR, M089 для генів репарації ДНК. Якщо ж потрібно оцінити ширший спектр молекулярних змін, може розглядатися комплексне геномне профілювання або велика NGS-панель.

Але більший обсяг не завжди означає кращий вибір. Якщо клінічна ситуація проста й потрібен один конкретний маркер, велика панель може бути зайвою. Якщо ж ситуація складна, пухлина поширена або стандартні варіанти лікування вичерпуються, ширше тестування може мати більше сенсу.

CSD LAB працює з молекулярними дослідженнями в онкології та може бути лабораторним партнером для лікаря й пацієнта на етапі уточнення молекулярного профілю пухлини.

У контексті комплексного геномного профілювання важливі не лише технології, а й увесь шлях зразка:

• правильний вибір дослідження;
• перевірка якості матеріалу;
• підготовка пухлинної тканини;
• оцінка достатності пухлинних клітин;
• виконання або організація молекулярного тестування;
• отримання структурованого звіту;
• коректне передавання результату лікарю.

Залежно від клінічної ситуації лікар може розглядати різні напрями CSD LAB: MyAction рішення для персоналізованої онкології, цільові панелі, як-от MyGene HRR, M089, або розширене комплексне геномне профілювання, наприклад FoundationOne Liquid CDx, M065.

Остаточне рішення про те, який тест обрати, має приймати лікар. Але правильно виконане комплексне геномне профілювання може дати йому більше інформації для персоналізованого вибору лікування.

1. MyAction рішення для персоналізованої онкології;
2. FoundationOne Liquid CDx, M065;
3. MyGene HRR, M089.

Джерела для редактора:

1. National Cancer Institute. Biomarker Testing for Cancer Treatment.
2. Recommendations for the use of next-generation sequencing (NGS) for patients with advanced cancer in 2024: a report from the ESMO Precision Medicine Working Group. Annals of Oncology, 2024;35(7):588–606.
3. Recommendations for the use of next-generation sequencing (NGS) for patients with metastatic cancers: a report from the ESMO Precision Medicine Working Group. Annals of Oncology, 2020;31(11):1491–1505.
4. NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology: Biomarkers Compendium.
5. NCCN Guidelines for Patients: Biomarker Testing.
6. Foundation Medicine. FoundationOne CDx / FoundationOne Liquid CDx / FoundationOne Heme product information.