Каріотипування, FISH, хромосомний мікроматричний аналіз та NGS — у чому різниця?
Ці методи не є “кращими” чи “гіршими” один за одного. Вони відповідають на різні запитання.
Каріотипування
Дає широкий огляд усіх хромосом. Добре підходить для пошуку:
- анеуплоїдій;
- великих структурних перебудов;
- збалансованих транслокацій;
- інверсій;
- частини випадків мозаїцизму.
Його перевага — можливість побачити структуру всього хромосомного набору.
FISH
FISH — флуоресцентна гібридизація in situ. На відміну від каріотипування, це прицільний метод. Спеціальні флуоресцентні зонди зв'язуються з конкретними ділянками хромосом. Тому FISH дуже добре відповідає на запитання: “Чи є саме ця конкретна перебудова?” Але якщо зонд спрямований на певну ділянку, метод не покаже всі інші зміни геному.
Хромосомний мікроматричний аналіз
Chromosomal microarray дозволяє шукати втрати та надлишки генетичного матеріалу зі значно вищою роздільною здатністю, ніж стандартний каріотип. Він може виявляти дрібні мікроделеції та мікродуплікації, які не видно під мікроскопом. Саме тому європейські рекомендації розглядають chromosomal microarray як метод першої лінії, зокрема, при інтелектуальних порушеннях, розладах нейророзвитку та множинних вроджених аномаліях. Але й він має обмеження: наприклад, стандартний microarray може не виявити збалансовану транслокацію, тому в певних ситуаціях саме класичний каріотип залишається необхідним.
NGS
NGS читає послідовність ДНК на значно детальнішому рівні. Його використовують, коли потрібно дослідити конкретні гени або велику панель генів і знайти зміни, які каріотипування побачити не може.
Тобто це різні рівні аналізу:
- каріотип → великі хромосомні зміни;
- FISH → конкретна ділянка або перебудова;
- microarray → дрібні втрати та надлишки хромосомного матеріалу;
- NGS → зміни на рівні послідовності генів.